模拟乙二醇粘度时结果波动的求助

Nemo_ZJU

大家好，我在使用GROMACS进行分子动力学模拟以计算乙二醇的粘度时遇到了一些问题。具体来说，模拟得到的粘度值随着步数的增加并没有收敛到一个稳定值，而是出现了明显的波动。我希望能得到一些建议或解决方案。
模拟细节：

• 结构文件获取：从PubChem下载乙二醇的结构文件。
• 前处理工具：利用Avogadro、Antechamber 和 ACPYPE 得到相关的ITP和TOP文件。
• 模拟设置：
  
  • 盒子尺寸：2 nm
  • 分子数：1178
  • 力场：OPLS-AA
    
• 模拟过程：
  
  • 经过能量最小化、NPT、NVT平衡后，使用基于NVT的结构和.mdp文件进行生产模拟。
  • 采用周期扰动法计算粘度，在做NVT的mdp文件基础上设置如下参数：
    
    • cos-acceleration = 0.05
    • pcoupl = no
    • nstenergy = 1000
      

问题描述：尽管模拟过程已经进行了较长时间，粘度的计算结果仍然没有稳定下来，且值在不同步数下有较大的波动。请问这可能是由于哪些因素导致的？是否有可能是模拟设置或参数选择上的问题？希望有经验的朋友能提供一些调试的建议或解决方案。
非常感谢大家的帮助！

sobereva

本来就只有平均值才有意义。不管什么属性，包括总能量、势能、温度、压力等，都必然会有微观波动

constrains = all-bonds是极其糟糕的设置，论坛里我已经批过无数次了。正常情况只应当用constrains = hbonds

另外，建议用sobtop（http://sobereva.com/soft/Sobtop）产生基于GAFF或GAFF2力场的拓扑文件，结合RESP2(0.5)电荷（下文），这是最理想的
RESP2原子电荷的思想以及在Multiwfn中的计算
http://sobereva.com/531（http://bbs.keinsci.com/thread-16190-1-1.html）

acpype默认产生的原子电荷是AM1-BCC，用于OPLS-AA根本不合适。就算非要用OPLS-AA，也应该用ligpargen产生拓扑文件，并且最好结合Multiwfn算的1.2*CM5电荷：
计算适用于OPLS-AA力场做模拟的1.2*CM5原子电荷的懒人脚本
http://sobereva.com/585（http://bbs.keinsci.com/thread-21462-1-1.html）
ORCA结合Multiwfn计算RESP、RESP2和1.2*CM5原子电荷的懒人脚本
http://sobereva.com/637（http://bbs.keinsci.com/thread-28178-1-1.html）

Nemo_ZJU

sobereva 发表于 2024-11-10 18:32
本来就只有平均值才有意义。不管什么属性，包括总能量、势能、温度、压力等，都必然会有微观波动

constr ...

感谢社长大人指点^_^