如何获得优势的高斯初始输入构型

yezhonghua · 发表于 Post on 2017-1-23 08:40:02

初始结构对于体系的能量和性质具有较大的影响，如果初始结构不是优势构型，其计算的结果往往会得出不同的结论。
在计算能级和体系能量的时候，影响较大。对于如何选择优势的初始构型，还请大神指点一下。
一般的方法我感觉有如下：
1、有晶体结构的，利用晶体结构进行计算。
2、没有晶体结构的，寻找相似结构的晶体数据，稍加改变进行计算。
3、如果完全没有相似晶体结构的新材料。可以通过分子动力学进行计算，获得较为优势的初始结构。

对于分子动力学，没有接触过，不太好评论。Gaussian 09 的ONIOM、Material Studio 的 castep ；或其他的计算分子动力学的软件。哪种方法较为实际？
还请大神能够指点一下。
谢谢！

sobereva · 发表于 Post on 2017-1-23 09:34:51

通过构象搜索找优势构型的做法看此文
使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=577
gentor：扫描方式做分子构象搜索的便捷工具
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=2388
还有spartan、MS的conformer、Hyperchem、sybyl等程序也可以做构象搜索

构象搜索基本算法看此文

Conformational Searching(Levine).pdf (289.42 KB, 下载次数 Times of downloads: 90)

yezhonghua · 发表于 Post on 2017-1-23 13:42:48

sobereva 发表于 2017-1-23 09:34
通过构象搜索找优势构型的做法看此文
使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索
http://bbs.keinsci. ...

感谢sober老师！

小范范1989 · 发表于 Post on 2017-1-23 14:14:40

刚刚去sob老师那里学的gromacs，就是为了能够实现第三条。

yezhonghua · 发表于 Post on 2017-1-23 17:06:51

小范范1989 发表于 2017-1-23 14:14
刚刚去sob老师那里学的gromacs，就是为了能够实现第三条。

恩恩，我也觉得没有优势的初始构型，下面的计算都比较难搞。gromacs用的怎么样？谢谢！

ggdh · 发表于 Post on 2017-1-23 22:32:51

yezhonghua 发表于 2017-1-23 17:06
恩恩，我也觉得没有优势的初始构型，下面的计算都比较难搞。gromacs用的怎么样？谢谢！

不推荐用gmx跑构象搜索，动力学是为了模拟真实情况而产生的算法，用来找构象，效率就底下了。
当然你顺便学了gmx将来收益无穷。

sobereva · 发表于 Post on 2017-1-23 22:41:57

yezhonghua 发表于 2017-1-23 17:06
恩恩，我也觉得没有优势的初始构型，下面的计算都比较难搞。gromacs用的怎么样？谢谢！

gmx跑模拟退火找能量最低构象还是不错的。在gmx培训班里我还专门讲过对药物分子做构象搜索的例子。
gmx可以做周期性退火，很方便，比如200ps一个退火周期，你做4ns，就可以得到20个参考温度为0K的结构。可以直接利用trjconv以及eneconv结合energy命令把反复周期性退火的参考温度为0K下的结构和能量提取出来。可以取力场能量最低的一批，然后再结合量化方法精确优化和得到能量。结合molclus来做会更方便。

ggdh · 发表于 Post on 2017-1-23 22:54:14

sobereva 发表于 2017-1-23 22:41
gmx跑模拟退火找能量最低构象还是不错的。在gmx培训班里我还专门讲过对药物分子做构象搜索的例子。
gm ...

模拟退火怕遇到那种开口很小而深度很深的势能井，不容易掉进去。不过一般只有几个可旋转键的小分子不太会遇到这种情况。

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