求助：Gromacs伞形采样牵引速率过快会有什么影响

含光君

各位老师好，请问大家知道Gromacs伞形采样牵引速率比较快是可以的吗？若过快会对结果有什么影响，牵引速率是否有合适范围？

最近做小分子筛选，觉得挨个做伞形采样比较耗时间，所以不知道加快一下牵引速率是否可行。

另外，我统计了单次牵引（没有划分窗口采样）的拉力与分子位移并计算了做功，发现分子过膜期间做功竟有4000多kJ/mol（下图），这个肯定对应不上实际过膜的能垒，但是又不太想得通多余的能量是转化到哪里去了，请各位老师多多指点！

牵引参数
pull_coord1_rate     = 0.02
pull_coord1_k         = 1500

nsteps                   = 500000
dt                          = 0.001

pal

动能吧，分子的分子量是不是挺大的

含光君

pal 发表于 2024-11-13 08:53
动能吧，分子的分子量是不是挺大的

有道理哎！谢谢！