用amber中的tleap处理蛋白质复合物，建立体系时报错

wwwv · 发表于 Post on 2024-11-14 19:13:54

总是出现无法找到原子的报错，配体没问题，蛋白质也是按照正常的处理步骤的，这是为什么啊，老师们。

student0618 · 发表于 Post on 2024-11-14 19:46:33

本帖最后由 student0618 于 2024-11-14 19:47 编辑

提问时最好给你用的完整命令哦，最好也提供输入文件，不然很难帮忙的。
没人猜得到什么是正常的处理步骤的。

wwwv · 发表于 Post on 2024-11-14 19:56:44

student0618 发表于 2024-11-14 19:46
提问时最好给你用的完整命令哦，最好也提供输入文件，不然很难帮忙的。
没人猜得到什么是正常的处理步骤的 ...

感谢提醒

wwwv · 发表于 Post on 7 day ago

用的命令是tleap -f leap.in
leap.in文件内容如下

蛋白质是用MOE进行了自动修正和修改质子化状态
配体是用orca计算的电荷

数据挖掘 · 发表于 Post on 前天 14:02

wwwv 发表于 2024-11-15 15:05
用的命令是tleap -f leap.in
leap.in文件内容如下
蛋白质是用MOE进行了自动修正和修改质子化状态

1. PEITI.frcmod 文件怎么来的？
2. 报错的2个原子属于小分子的？
3. 需要通过mol2文件生成frcmod文件，为小分子建立合适的力场参数。

wwwv · 发表于 Post on 前天 15:37

数据挖掘发表于 2024-11-20 14:02
1. PEITI.frcmod 文件怎么来的？
2. 报错的2个原子属于小分子的？
3. 需要通过mol2文件生成frcmod文 ...

PEITI.frcmod 文件是通过parmchk2 -i PEITI.mol2 -f mol2 -o PEITI.frcmod 这个生成的，应该是蛋白质的错误

数据挖掘 · 发表于 Post on 前天 16:36

wwwv 发表于 2024-11-20 15:37
PEITI.frcmod 文件是通过parmchk2 -i PEITI.mol2 -f mol2 -o PEITI.frcmod 这个生成的，应该是蛋白质 ...

可以把文件打包到百度云上，我来看一下

wwwv · 发表于 Post on 前天 16:49

数据挖掘发表于 2024-11-20 16:36
可以把文件打包到百度云上，我来看一下

刚问老师解决了，感谢感谢，是蛋白质末端有一个特殊的氨基酸，把他删掉就好了

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[Amber] 用amber中的tleap处理蛋白质复合物，建立体系时报错