求助用VMD做gromacs动力学模拟的图时盒子内的分子是残缺的

ZhangWenjun · 发表于 Post on 2024-11-15 11:03:30

用VMD做gromacs动力学模拟的图，我导入轨迹文件后，想对其中一帧作图，但是盒子内的分子是残缺的，有原子跑到盒子的另一侧，我应该如何正确的使用周期性边界条件呢，或者如何适当的加入晶格参数来保证图示内分子的完整性

student0618 · 发表于 Post on 2024-11-15 12:06:50

轨迹先用gmx trjconv -pbc mol 处理。

sobereva · 发表于 Post on 2024-11-15 12:08:18

如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问，并清楚、准确反映出帖子具体内容，避免有任何歧义和含糊性，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题 “用VMD做gromacs动力学模拟的图” 改了，以后务必注意！

trjconv处理轨迹

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[VMD] 求助用VMD做gromacs动力学模拟的图时盒子内的分子是残缺的