请问从pdb下载的结构，使用pdb2gmx产生的拓扑文件会有问题吗？如果会请问如何处理？

Nana_suki

各位老师好，我是gromacs小白，参考sob老师关于泛素模拟的教程模拟了纤维蛋白原（3GHG）在水中的运动情况。首先使用grep -v 去除了HETATM字段后按照教程中的命令进行能量最小化，但提示Listed nonbonded interaction between particles 7530 and 7533 at distance 4.452 which is larger than the table limit 2.050 nm.
搜索论坛后我发现这可能是因为拓扑文件出错，但一般似乎是发生在用sobtop等程序生成的小分子上，使用pdb2gmx产生的拓扑文件会有问题吗？如果会请问如何处理？
em结束后生成的蛋白质结构中出现了许多奇怪的结构，同时如果保存为pdb格式会发现蛋白质结构似乎破碎了。

sobereva

拓扑文件有问题，或者跟结构文件对应有关系问题，根据课上讲的拓扑文件的规则仔细检查，并且检查每一步操作。并且注意看清楚pdb2gmx处理过程中的所有提示试图寻找可能的问题。