问题已解决—盐水溶液体系的MD模拟，温度失控

sim

抱歉，自己发现inp文件有问题，修正后使用社长的建议，使用默认方法和基组加上色散校正，温度恢复正常。


各位好，我在尝试一个简单盐水溶液体系的MD模拟，由于参数设置懂得不多，MD设置大部分内容没动。另外，由于后续综合体系比较大，暂时跑盐水溶液MD用的是GFN1-XTB。

尝试修改的参数部分：目前尝试过修改CSVR的时间常数TIMECON为50，100，200；也尝试使用体系的单点能计算产生的wfn文件，建模尝试了Packmol和gmx insert molecules，盒子大小也尝试按照计算得到的数据进行设置。

问题：目前体系跑MD出现温度失控问题，温度在接近设定温度的过程中，突然升高。

请求帮忙看看是什么问题，非常感谢

sobereva

输入文件也不给，有没有硬伤别人也不知道，根本没法回答
顺带一提，GFN1-xTB跑纯水或者水占很大部分的体系不是什么好选择，密度严重不合理，暗示对水分子间相互作用描述不理想

sim

sobereva 发表于 2024-11-19 11:39
输入文件也不给，有没有硬伤别人也不知道，根本没法回答
顺带一提，GFN1-xTB跑纯水或者水占很大部分的体系 ...

谢谢社长，自己刚发现gmx insert分子顺序不同，导致插入的离子数量少了，电荷不平衡，就把inp文件删除掉了，我先自己调整下，如果仍有问题，我再继续请教。谢谢！

sim

总结：
修改inp文件后，使用默认方法基组，加色散矫正后，温度2000步后比较正常了
经验1：MD的建模，个人感觉packmol建模没有gmx insert好用，gmx insert的冗余空间比较合适，但是碰到有孔的材料不合适（孔洞会嵌入，自己不会处理）
      2：如社长所说，涉及到大部分水分子体系时，半经验方法是不太好，同样的文件，默认方法基组加上色散矫正，收敛的很快。MD体系对方法基组的要求，需要结合算力摸索下。

shinkon

sim 发表于 2024-11-19 19:04
总结：
修改inp文件后，使用默认方法基组，加色散矫正后，温度2000步后比较正常了
经验1：MD的建模，个人 ...

请适当修改主楼已体现问题已解决~

sobereva

sim 发表于 2024-11-19 19:04
总结：
修改inp文件后，使用默认方法基组，加色散矫正后，温度2000步后比较正常了
经验1：MD的建模，个人 ...

问题1，对于孔洞小的情况，可以尝试调大-scale解决


对于孔洞大的情况，考虑用VMD的选择语句，在保存新结构时扣除掉那些部分（比如扣除对应各个大孔洞的球形区域）
VMD里原子选择语句的语法和例子
http://sobereva.com/504（http://bbs.keinsci.com/thread-14267-1-1.html）


如果体系不很大，也可以考虑用gview编辑结构，用滑框选择工具把不想要的区域的水圈上然后删掉

sim

shinkon 发表于 2024-11-20 03:39
请适当修改主楼已体现问题已解决~

好的，谢谢提醒，已修改！

sim

sobereva 发表于 2024-11-20 04:37
问题1，对于孔洞小的情况，可以尝试调大-scale解决

谢谢社长的提醒和指教，我有时间也再把gromacs的书看一遍，知识点忘记的有点多。谢谢！