求助PEG+水+核酸的混合溶液，溶剂该怎么去周期性边界条件

zhijiu · 发表于 Post on 前天 10:25

各位老师好，我有一个PEG+水+核酸的混合溶液，我去周期性边界条件的，用“gmx trjconv -s 1.gro -f 1.xtc -o center.xtc -center -pbc atom",用核酸的中心P原子作center，发现PEG周期性边界条件没有处理好，PEG看着还是网格状的，我还依次尝试了“-pbc whole/mol/res/nojump/cluster",都不行，用vmd看轨迹，PEG还是网格状，请问这个该怎么处理？

sobereva · 发表于 Post on 前天 11:32

别用不是众所周知的缩写
假定你说的PEG是聚合物，对这个部分用dynamic bonds方式显示就完了

zhijiu · 发表于 Post on 前天 15:27

sobereva 发表于 2024-11-20 11:32
别用不是众所周知的缩写
假定你说的PEG是聚合物，对这个部分用dynamic bonds方式显示就完了

嗯嗯，PEG是指聚乙二醇，好的，谢谢老师，问题解决了

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[GROMACS] 求助PEG+水+核酸的混合溶液，溶剂该怎么去周期性边界条件