一个配合物分析的问题

MCV

之前问过sob
叠氮以180度桥连金属M-NNN-M的时候，红外会蓝移一两百个波数，CDA分析从叠氮到金属的d大概是0.06，b大概是0.01，净转移电子是0.6，并且d r比较大的那些轨道的成分分析都没有叠氮的occ为0的成分，应该是没什么反馈pi键。除了键级分析外，还能做什么分析来解释这个蓝移？（而且教科书上经典的那些金属羰基化合物，配位的羰基的红外应该是红移）

回答是
【传说】Sobereva(190258442) 2014-10-19 5:51:02查看前后消息
做AIM分析，看看BCP性质如何变化。也做做密度差图，看看结合金属后密度怎么转移的，在哪里聚集了。也做做ELF图。

看到“AIM键临界点处电子密度拉普拉斯值符号判断相互作用类型失败原因的图形分析”这个AIM的文章中对Ni（CO）4这个类似的化合物的说法是“最让人放心的还是作拉普拉斯值或ELF图，物理意义明确，一目了然。”

于是我做了电子密度图和elf图
电子密度图：


elf：


看起来都是离子键

cda看起来N3-的轨道能级比较高，frag2的homo lumo是192 193

对比Ni(CO)4这种典型的存在pi反馈键的例子，应该是完全不同的，即只是离子键


不知能否这样解释，叠氮的能级较高，参与形成复合物轨道的主要是N3的轨道8的sigma成键轨道、轨道9的sigma反键轨道以及轨道10 11的pi轨道（看的是d-b和r比较高的），其中的反键轨道和pi轨道的电子被转移到金属上，所以叠氮本身键能提高（但是怎么说明为什么是反键的电子转移的更多）

另外能定量或者定性对比分析不同结构么，实验上的规律是M-NNN-M的M是Zn的时候解晶体几乎是直线，opt结果是有一定夹角的非直线，而从Zn到Hg，夹角越来越偏离直线，红外的蓝移也相对较弱
    Orb.      Occ.          d           b        d - b          r
       1    2.000000    0.000202   -0.000000    0.000202    0.000017
       2    2.000000   -0.000000    0.000000   -0.000001    0.000000
       3    2.000000   -0.000001    0.000000   -0.000001    0.000000
       4    2.000000   -0.000000    0.000002   -0.000003    0.000001
       5    2.000000   -0.000000   -0.000001    0.000001    0.000000
       6    2.000000   -0.000000   -0.000005    0.000005   -0.000002
       7    2.000000   -0.000000    0.000003   -0.000003   -0.000000
       8    2.000000   -0.000000   -0.000000   -0.000000   -0.000000
       9    2.000000   -0.000000   -0.000000   -0.000000   -0.000000
      10    2.000000    0.000396   -0.000003    0.000400    0.000060
      11    2.000000    0.000477   -0.000003    0.000480    0.000089
      12    2.000000   -0.000000   -0.000000   -0.000000   -0.000000
      13    2.000000   -0.000000   -0.000000   -0.000000   -0.000000
      14    2.000000   -0.000000   -0.000000   -0.000000   -0.000000
      15    2.000000   -0.000000    0.000000   -0.000000    0.000000
      16    2.000000   -0.000000    0.000000   -0.000000    0.000000
      17    2.000000   -0.000000   -0.000000   -0.000000   -0.000000
      18    2.000000   -0.000001   -0.000000   -0.000000   -0.000000
      19    2.000000   -0.000001    0.000001   -0.000001    0.000000
      20    2.000000   -0.000001   -0.000000   -0.000001   -0.000001
      21    2.000000   -0.000001    0.000001   -0.000002    0.000000
      22    2.000000   -0.000001    0.000000   -0.000001    0.000000
      23    2.000000   -0.000000   -0.000000   -0.000000   -0.000000
      24    2.000000   -0.000000   -0.000000   -0.000000   -0.000000
      25    2.000000   -0.000000   -0.000000   -0.000000   -0.000000
      26    2.000000   -0.000000   -0.000000   -0.000000   -0.000000
      27    2.000000   -0.000000   -0.000000   -0.000000   -0.000000
      28    2.000000   -0.000000   -0.000000   -0.000000   -0.000000
      29    2.000000   -0.000000   -0.000000   -0.000000   -0.000000
      30    2.000000   -0.000000    0.000000   -0.000001   -0.000000
      31    2.000000   -0.000002   -0.000001   -0.000001   -0.000001
      32    2.000000   -0.000000    0.000004   -0.000005    0.000001
      33    2.000000   -0.000000    0.000000   -0.000001    0.000000
      34    2.000000   -0.000005    0.000020   -0.000025    0.000006
      35    2.000000   -0.000002    0.000008   -0.000010    0.000003
      36    2.000000   -0.000001    0.000000   -0.000001    0.000000
      37    2.000000   -0.000000   -0.000000    0.000000   -0.000000
      38    2.000000   -0.000000    0.000000   -0.000001   -0.000000
      39    2.000000   -0.000000   -0.000000    0.000000    0.000000
      40    2.000000   -0.000001    0.000001   -0.000002    0.000000
      41    2.000000   -0.000000    0.000000   -0.000000    0.000000
      42    2.000000   -0.000000    0.000000   -0.000000    0.000000
      43    2.000000   -0.000000   -0.000000   -0.000000   -0.000000
      44    2.000000   -0.000000    0.000002   -0.000002    0.000001
      45    2.000000   -0.000000    0.000000   -0.000001    0.000000
      46    2.000000   -0.000000    0.000000   -0.000001    0.000000
      47    2.000000   -0.000000   -0.000001    0.000000   -0.000000
      48    2.000000   -0.000004   -0.000761    0.000758   -0.000298
      49    2.000000   -0.000002   -0.000464    0.000463   -0.000168
      50    2.000000   -0.000000   -0.000028    0.000027   -0.000002
      51    2.000000   -0.000000   -0.000026    0.000025   -0.000002
      52    2.000000   -0.000000   -0.000015    0.000015    0.000002
      53    2.000000   -0.000000    0.000003   -0.000003    0.000004
      54    2.000000   -0.000003   -0.000511    0.000508   -0.000080
      55    2.000000   -0.000000   -0.000352    0.000351    0.000037
      56    2.000000    0.027019   -0.000153    0.027172    0.008282
      57    2.000000    0.000015   -0.000810    0.000825   -0.000039
      58    2.000000    0.000138   -0.001023    0.001161    0.000472
      59    2.000000    0.000054   -0.000168    0.000222    0.000180
      60    2.000000    0.000002   -0.000189    0.000191    0.000082
      61    2.000000    0.000022   -0.000111    0.000133    0.000201
      62    2.000000   -0.000015   -0.000304    0.000289    0.000150
      63    2.000000    0.016033   -0.001966    0.017999    0.022717
      64    2.000000   -0.000040    0.000617   -0.000656    0.001168
      65    2.000000    0.006411    0.001901    0.004511   -0.004615
      66    2.000000   -0.000112   -0.000450    0.000338    0.000243
      67    2.000000   -0.000238    0.000367   -0.000605    0.000338
      68    2.000000   -0.000381   -0.000338   -0.000043   -0.000469
      69    2.000000   -0.000058    0.000138   -0.000196    0.000545
      70    2.000000   -0.000025    0.000217   -0.000242    0.000483
      71    2.000000   -0.000400   -0.000359   -0.000042   -0.001340
      72    2.000000   -0.000058   -0.000310    0.000251   -0.000091
      73    2.000000   -0.000004   -0.000034    0.000030    0.000030
      74    2.000000   -0.000064    0.000166   -0.000230    0.000218
      75    2.000000   -0.000040    0.000065   -0.000105    0.000205
      76    2.000000   -0.000005   -0.000062    0.000057    0.000171
      77    2.000000   -0.000010   -0.000099    0.000089    0.000222
      78    2.000000   -0.000025   -0.000047    0.000022    0.000201
      79    2.000000   -0.000016   -0.000621    0.000605   -0.000086
      80    2.000000    0.000009   -0.000653    0.000662    0.000236
      81    2.000000   -0.000052   -0.000069    0.000017    0.000023
      82    2.000000   -0.000004   -0.000120    0.000116    0.000154
      83    2.000000    0.000045   -0.000495    0.000540    0.001909
      84    2.000000   -0.000027   -0.000066    0.000039    0.000465
      85    2.000000   -0.000032   -0.000033    0.000001    0.000292
      86    2.000000    0.000037   -0.000943    0.000981    0.001881
      87    2.000000   -0.000007    0.000020   -0.000027    0.000511
      88    2.000000    0.000006   -0.000118    0.000124    0.000802
      89    2.000000    0.000006   -0.000114    0.000120    0.001136
      90    2.000000    0.000020   -0.000390    0.000410    0.001670
      91    2.000000    0.000022   -0.000093    0.000114    0.000337
      92    2.000000    0.000009   -0.000065    0.000073    0.000224
      93    2.000000    0.000013   -0.000144    0.000157    0.000696
      94    2.000000    0.000372   -0.000046    0.000418    0.001162
      95    2.000000   -0.000025   -0.000013   -0.000012    0.000464
      96    2.000000    0.000084   -0.000348    0.000432    0.001548
      97    2.000000    0.000165   -0.000481    0.000646    0.003100
      98    2.000000    0.000596   -0.001126    0.001723    0.011777
      99    2.000000    0.043246   -0.003258    0.046504    0.211374
     100    2.000000    0.000793   -0.000106    0.000899    0.003356
     101    2.000000    0.000298   -0.000614    0.000912    0.012760
     102    2.000000    0.000760    0.000010    0.000750    0.001121
     103    2.000000    0.000763   -0.000730    0.001493    0.018707
     104    2.000000   -0.000135   -0.000170    0.000035    0.001450
     105    2.000000    0.000066   -0.000190    0.000255    0.001386
     106    2.000000    0.034657   -0.005086    0.039744    0.178063
     107    2.000000    0.000507   -0.000130    0.000637    0.005641
     108    2.000000    0.000212   -0.000142    0.000354    0.004707
     109    2.000000    0.000674    0.000200    0.000474   -0.000824
     110    2.000000    0.000672    0.000269    0.000403   -0.001282
     111    2.000000    0.004677    0.001464    0.003213   -0.020831
     112    2.000000    0.002054    0.000878    0.001176   -0.010073
     113    2.000000    0.004091   -0.000877    0.004968    0.078380
     114    2.000000    0.000036   -0.000038    0.000074    0.000743
     115    2.000000    0.000557    0.000313    0.000244    0.003366
     116    2.000000    0.005023   -0.002244    0.007267    0.080252
     117    2.000000    0.000024   -0.000297    0.000321   -0.015216
     118    2.000000    0.000156   -0.000035    0.000192   -0.016073
     119    2.000000    0.003280    0.000643    0.002637    0.019871
     120    2.000000    0.000311    0.000081    0.000230   -0.008994
     121    2.000000    0.000440   -0.000056    0.000495   -0.002048
     122    2.000000   -0.000070   -0.000604    0.000534    0.001640
     123    2.000000    0.000751    0.000328    0.000423   -0.008433
     124    2.000000   -0.000909   -0.000356   -0.000553   -0.009625
     125    2.000000   -0.000406   -0.000930    0.000524   -0.001859
     126    2.000000    0.000036   -0.000497    0.000534    0.003817
     127    2.000000    0.000150    0.000201   -0.000051   -0.003392
     128    2.000000    0.000051    0.000001    0.000050   -0.001431
     129    2.000000    0.000635    0.000139    0.000496   -0.007954
     130    2.000000    0.000037   -0.000034    0.000072    0.000150
     131    2.000000    0.000104    0.000108   -0.000004   -0.001186
     132    2.000000   -0.001311   -0.002292    0.000981   -0.026053
     133    2.000000   -0.000113    0.000095   -0.000208    0.000108
     134    2.000000    0.000006   -0.000092    0.000098   -0.001213
     135    2.000000    0.000232   -0.000967    0.001199   -0.002909
     136    2.000000    0.000083   -0.000237    0.000320    0.018515
     137    2.000000    0.000044    0.000146   -0.000102    0.014380
     138    2.000000    0.000306    0.002703   -0.002397   -0.021001
     139    2.000000    0.000458    0.002402   -0.001944   -0.024345
     140    2.000000   -0.000074    0.000098   -0.000172   -0.000660
     141    2.000000    0.000196    0.000086    0.000110    0.000351
     142    2.000000   -0.000016   -0.000007   -0.000009    0.000851
     143    2.000000    0.000169   -0.000074    0.000242    0.000449
     144    2.000000    0.000024   -0.000024    0.000048    0.000030
     145    2.000000    0.000060    0.000027    0.000034   -0.000097
     146    2.000000    0.007141   -0.000042    0.007183   -0.030583
     147    2.000000    0.003554    0.000031    0.003523   -0.014830
     148    2.000000    0.002598   -0.000583    0.003181   -0.000769
     149    2.000000    0.000261   -0.000041    0.000302   -0.001154
     150    2.000000    0.010639   -0.001997    0.012637   -0.007994
     151    2.000000    0.000471   -0.000235    0.000706   -0.006508
     152    2.000000    0.000106   -0.000085    0.000191   -0.002650
     153    2.000000    0.000092    0.000169   -0.000077   -0.002213
     154    2.000000    0.000070   -0.000089    0.000159   -0.002121
     155    2.000000    0.000094    0.000160   -0.000066   -0.001610
     156    2.000000    0.000204   -0.000710    0.000914   -0.012889
     157    2.000000    0.000403    0.000042    0.000361   -0.000686
     158    2.000000   -0.000015   -0.000327    0.000312   -0.000331
     159    2.000000   -0.000043   -0.000171    0.000129    0.000491
     160    2.000000   -0.000048    0.000056   -0.000104    0.000778
     161    2.000000    0.000043    0.000106   -0.000062    0.000201
     162    2.000000    0.001670   -0.001156    0.002827   -0.002836
     163    2.000000    0.007863    0.001102    0.006761   -0.030019
     164    2.000000    0.000565   -0.004756    0.005321    0.008734
     165    2.000000    0.000591   -0.000973    0.001564   -0.027028
     166    2.000000    0.000658   -0.000263    0.000921   -0.028133
     167    2.000000    0.001236   -0.000712    0.001948   -0.016937
     168    2.000000    0.000670   -0.000343    0.001014   -0.018714
     169    2.000000    0.000314    0.000200    0.000114   -0.007143
     170    2.000000    0.000296    0.000076    0.000220   -0.008267
     171    2.000000    0.002126   -0.000157    0.002283   -0.012975
     172    2.000000    0.000332    0.000169    0.000163   -0.001549
     173    2.000000    0.002440   -0.000183    0.002622   -0.015468
     174    2.000000    0.007436   -0.001221    0.008657   -0.047795
     175    2.000000    0.000111    0.000145   -0.000034    0.000500
     176    2.000000    0.000720   -0.000387    0.001107   -0.005052
     177    2.000000    0.028555   -0.001285    0.029839   -0.168540
     178    2.000000    0.012821   -0.003928    0.016750   -0.091639
     179    2.000000    0.002183   -0.002076    0.004258    0.020228
     180    2.000000    0.001833   -0.001199    0.003032    0.015595
     181    2.000000    0.001687    0.000370    0.001317   -0.003794
     182    2.000000    0.000432   -0.000026    0.000458   -0.018432
     183    2.000000    0.014691   -0.004732    0.019423    0.082190
     184    2.000000    0.012608   -0.006498    0.019106    0.101142
     185    2.000000    0.000210   -0.001089    0.001300   -0.009945
     186    2.000000    0.001136    0.004170   -0.003033   -0.002750
     187    2.000000    0.002821    0.000959    0.001862   -0.022492
     188    2.000000    0.001549   -0.000401    0.001950   -0.015858
     189    2.000000    0.027786    0.003069    0.024717   -0.090088
     190    2.000000    0.044216   -0.005012    0.049227   -0.219267
     191    2.000000    0.060594    0.009780    0.050814   -0.265154
     192    2.000000    0.046949    0.012328    0.034621   -0.297968
     193    0.000000    0.000000    0.000000    0.000000    0.000000
     194    0.000000    0.000000    0.000000    0.000000    0.000000
     195    0.000000    0.000000    0.000000    0.000000    0.000000
     196    0.000000    0.000000    0.000000    0.000000    0.000000
  ......
    2292    0.000000    0.000000    0.000000    0.000000    0.000000
-------------------------------------------------------------------
Sum:     384.000000    0.466762   -0.028637    0.495398   -0.749031


      ========== Extended Charge decomposition analysis (ECDA) ==========
   Contribution to all occupied complex orbital:
Occupied, virtual orbitals of fragment  1:    1069.8931%         0.5949%
Occupied, virtual orbitals of fragment  2:   18091.8745%        37.6588%
   Contribution to all virtual complex orbital:
Occupied, virtual orbitals of fragment  1:      30.0044%      7899.1831%
Occupied, virtual orbitals of fragment  2:       8.0208%    202062.1221%
PL( 1) + CT( 1-> 2) =    0.6001      PL( 1) + CT( 2-> 1) =    0.0119
PL( 2) + CT( 1-> 2) =    0.7532      PL( 2) + CT( 2-> 1) =    0.1604
The net electrons obtained by frag. 2 = CT( 1-> 2) - CT( 2-> 1) =    0.5882





Input the index of complex orbital you are interested in, e.g. 6
To exit, input 0
Note: If you want to obtain the composition of an orbital (e.g. orbital 5) of a
fragment (e.g. fragment 2) in all complex orbitals, you can input e.g. 2,5
191
Note: Only the fragment orbitals with contribution >  1.0% will be shown below
Occupation number of orbital   191 of the complex:  2.00000000
Orbital    10 of fragment  1, Occ: 2.00000    Contribution:    9.9454%
Orbital    11 of fragment  1, Occ: 2.00000    Contribution:   35.8738%
Orbital   175 of fragment  2, Occ: 2.00000    Contribution:    1.0238%
Orbital   176 of fragment  2, Occ: 2.00000    Contribution:    8.9017%
Orbital   179 of fragment  2, Occ: 2.00000    Contribution:   16.3894%
Orbital   180 of fragment  2, Occ: 2.00000    Contribution:    8.9526%
Orbital   181 of fragment  2, Occ: 2.00000    Contribution:    6.5063%
Orbital   182 of fragment  2, Occ: 0.00000    Contribution:    2.2396%

Input the index of complex orbital you are interested in, e.g. 6
To exit, input 0
Note: If you want to obtain the composition of an orbital (e.g. orbital 5) of a
fragment (e.g. fragment 2) in all complex orbitals, you can input e.g. 2,5
192
Note: Only the fragment orbitals with contribution >  1.0% will be shown below
Occupation number of orbital   192 of the complex:  2.00000000
Orbital    10 of fragment  1, Occ: 2.00000    Contribution:   39.8322%
Orbital    11 of fragment  1, Occ: 2.00000    Contribution:   12.0030%
Orbital   175 of fragment  2, Occ: 2.00000    Contribution:    4.3270%
Orbital   176 of fragment  2, Occ: 2.00000    Contribution:    1.6264%
Orbital   179 of fragment  2, Occ: 2.00000    Contribution:   19.0185%
Orbital   181 of fragment  2, Occ: 2.00000    Contribution:   16.0944%

Note: If you want to obtain the composition of an orbital (e.g. orbital 5) of a
fragment (e.g. fragment 2) in all complex orbitals, you can input e.g. 2,5
99
Note: Only the fragment orbitals with contribution >  1.0% will be shown below
Occupation number of orbital    99 of the complex:  2.00000000
Orbital     8 of fragment  1, Occ: 2.00000    Contribution:   67.4266%
Orbital    96 of fragment  2, Occ: 2.00000    Contribution:    1.0562%
Orbital   100 of fragment  2, Occ: 2.00000    Contribution:    6.5395%
Orbital   111 of fragment  2, Occ: 2.00000    Contribution:    8.9479%
Orbital   127 of fragment  2, Occ: 2.00000    Contribution:    2.4722%
Orbital   131 of fragment  2, Occ: 2.00000    Contribution:    1.0748%
Orbital   182 of fragment  2, Occ: 0.00000    Contribution:    2.1127%

106
Note: Only the fragment orbitals with contribution >  1.0% will be shown below
Occupation number of orbital   106 of the complex:  2.00000000
Orbital     7 of fragment  1, Occ: 2.00000    Contribution:   25.0951%
Orbital     9 of fragment  1, Occ: 2.00000    Contribution:   29.3559%
Orbital    97 of fragment  2, Occ: 2.00000    Contribution:    4.3954%
Orbital    99 of fragment  2, Occ: 2.00000    Contribution:    1.4723%
Orbital   101 of fragment  2, Occ: 2.00000    Contribution:    1.6911%
Orbital   105 of fragment  2, Occ: 2.00000    Contribution:    9.3029%
Orbital   109 of fragment  2, Occ: 2.00000    Contribution:    2.1213%
Orbital   110 of fragment  2, Occ: 2.00000    Contribution:   11.8356%
Orbital   116 of fragment  2, Occ: 2.00000    Contribution:    3.8432%
Orbital   122 of fragment  2, Occ: 2.00000    Contribution:    1.4712%
Orbital   161 of fragment  2, Occ: 2.00000    Contribution:    1.1897%
Orbital   183 of fragment  2, Occ: 0.00000    Contribution:    1.8848%

190
Note: Only the fragment orbitals with contribution >  1.0% will be shown below
Occupation number of orbital   190 of the complex:  2.00000000
Orbital     9 of fragment  1, Occ: 2.00000    Contribution:    2.6372%
Orbital   161 of fragment  2, Occ: 2.00000    Contribution:    1.6141%
Orbital   174 of fragment  2, Occ: 2.00000    Contribution:    8.9221%
Orbital   175 of fragment  2, Occ: 2.00000    Contribution:   24.4012%
Orbital   176 of fragment  2, Occ: 2.00000    Contribution:   25.3403%
Orbital   177 of fragment  2, Occ: 2.00000    Contribution:   13.1953%
Orbital   180 of fragment  2, Occ: 2.00000    Contribution:    9.9160%
Orbital   181 of fragment  2, Occ: 2.00000    Contribution:    5.8693%
Orbital   183 of fragment  2, Occ: 0.00000    Contribution:    4.8394%



排序d

Orb.	Occ.	d	b	d - b	r
191	2	0.060594	0.00978	0.050814	-0.26515
192	2	0.046949	0.012328	0.034621	-0.29797
190	2	0.044216	-0.00501	0.049227	-0.21927
99	2	0.043246	-0.00326	0.046504	0.211374
106	2	0.034657	-0.00509	0.039744	0.178063

排序b

Orb.	Occ.	d	b	d - b	r
192	2	0.046949	0.012328	0.034621	-0.29797
191	2	0.060594	0.00978	0.050814	-0.26515
186	2	0.001136	0.00417	-0.00303	-0.00275
189	2	0.027786	0.003069	0.024717	-0.09009
138	2	0.000306	0.002703	-0.0024	-0.021

排序d-b

Orb.	Occ.	d	b	d - b	r
191	2	0.060594	0.00978	0.050814	-0.26515
190	2	0.044216	-0.00501	0.049227	-0.21927
99	2	0.043246	-0.00326	0.046504	0.211374
106	2	0.034657	-0.00509	0.039744	0.178063
192	2	0.046949	0.012328	0.034621	-0.29797

排序r

Orb.	Occ.	d	b	d - b	r
99	2	0.043246	-0.00326	0.046504	0.211374
106	2	0.034657	-0.00509	0.039744	0.178063
184	2	0.012608	-0.0065	0.019106	0.101142
183	2	0.014691	-0.00473	0.019423	0.08219
116	2	0.005023	-0.00224	0.007267	0.080252

xmseet

顶~等待大牛来解答

sobereva

电子密度图本身没什么用。

配位键属于极性共价键，但是其ELF图由于配位原子和金属之间的空缺总是容易被误认为是非共价相互作用，那实际上往往是过渡金属的原子壳层的间隙区域，而非非共价相互作用区域。
离子键算是极性共价键的极端，有时候非要纠结是极性共价键还是离子键没太大意思。是否属于共价键，一个判断标准是两原子之间的能量密度的符号（通常考察的是BCP处），如果是负值，说明势能占主导，被认为是共价键的一个标志，通常的配位键都是如此；如果为正值，被认为是非共价相互作用。

你的CDA图连线太多，看不清楚，应当利用Multiwfn的选项使之精简，特别是利用规则“由两个片段贡献值必须都超过xxx”，并且调节能量范围。

你的CDA解释应该是可以的，为什么转移得更多应该是轨道相位匹配的问题。

还是应该做做密度差图，即复合物密度减去金属的密度再减去叠氮的密度，看看N-N之间密度是如何变化的，这直接有助于了解键特征的变化。

定量或者定性对比分析不同结构是没问题的。

另外可以做一下NBO分析，比较一下结合金属前后，叠氮N-N的BD和BD*的占据数怎么变化，以及原子电荷、原子轨道布居数如何改变。

MCV

sobereva 发表于 2014-10-19 23:57
电子密度图本身没什么用。

配位键属于极性共价键，但是其ELF图由于配位原子和金属之间的空缺总是容易被 ...

想接着问下相位匹配是指这种么，直接说从cda r值最高的那个99号轨道图可见，非直线的金属dz轨道与N上的p轨道相位不如直线的匹配么

两图中红色和绿色电子云的位置是相反的，生成几次都不会互换颜色，这是为啥？


参与99号成键的那个N3的轨道长下面这个样子，感觉样子很奇怪，是两边的p轨道，中间的s轨道么



另外，电子密度差图如下，我看大概就是Zn-N成键后N上的电子被Zn极化，中间的那个N和两边N的密度差就看不懂了

这个密度差图上似乎两边N的电子上的形状和elf图的略相似，有关联么


最近，直接算了个单核Zn的N3配合物做参比，红外频率顺序终于对了，那就略过HN3不用它做参比了

sobereva

这是整个体系的轨道，已经组合到了一起了，虽然也能看得出因为相位匹配而组成了复合物轨道，但没法最透彻地看到片段轨道间的匹配。如果把两个片段的相应片段轨道同时显示出来，看看交叠程度和相位匹配程度，那样更明确。

红绿相反无所谓，可以把一个体系所有轨道相位同时反转，这不影响体系任何性质。

那个N3的轨道，可以用NAO方法分析一下轨道成份。这三个N应该都用了s和p轨道，

N-N键中间的密度降低了，反映出N-N键强度有削弱的迹象。

N3两边那块，和ELF没有直接关联，虽然都反映的是孤对电子区域。ELF衡量的是当前的情况，而密度差衡量的是变化情况。

MCV

sobereva 发表于 2014-11-3 00:06
这是整个体系的轨道，已经组合到了一起了，虽然也能看得出因为相位匹配而组成了复合物轨道，但没法最透彻地 ...

--这是整个体系的轨道，已经组合到了一起了，虽然也能看得出因为相位匹配而组成了复合物轨道，但没法最透彻地看到片段轨道间的匹配。如果把两个片段的相应片段轨道同时显示出来，看看交叠程度和相位匹配程度，那样更明确。
您的意思是我应该像cda教程那样分别把99轨道的frag1 frag2贡献最大的occ0和occ2的部分按照坐标方向摆在一起么，就像我第二幅那个问N3成分的图那样？

--红绿相反无所谓，可以把一个体系所有轨道相位同时反转，这不影响体系任何性质。
似乎没找到gv有这个功能..我用multiwfn试试吧

--那个N3的轨道，可以用NAO方法分析一下轨道成份。这三个N应该都用了s和p轨道，
您指的是说明书的4.8.2 Analysis on water by natural atomic orbital method吧

--N-N键中间的密度降低了，反映出N-N键强度有削弱的迹象。
只看出第一张N旁边的密度梯度都扭转了，中间那个N横向虚线数目一样，纵向实线第一张发散了并且虚线数目不一样，怎么判断的呢

sobereva

对

你就无视红绿就行了。或者gview里把正/负部分等值面颜色正好改成反的。或者用Multiwfn生成分子轨道格点数据，在后处理界面选择令格点数据数值乘以-1然后再观看（或者再导出成cube文件后用gview、VMD等观看）。

对

不用考察得那么细致、有几条线等等。只要原子之间是虚线区域，就代表密度下降了。

MCV

原来是NN之间有虚线就是了...我还在那里看形状，好多没接触过的东西真是不知道怎么看呀，哈哈