[GROMACS] gromacs计算rdf单个原子与索引组三个原子的曲线相同

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moni0823

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发表于 Post on yesterday 15:56 | 只看该作者 Only view this author |只看大图 View big picture 回帖奖励

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本帖最后由 moni0823 于 2024-11-26 16:50 编辑

各位老师同学好，我在使用gromacs计算rdf时出现了一个问题，就是我尝试将图中分子中相邻的三个甲基中的C通过make_ndx设置为一组，然后计算其与体系中CO2中C之间的rdf，发现其绘制出来的rdf和与三个甲基中单个C与CO2中C之间的rdf曲线几乎重合，想问一下这是正常现象嘛？依我的理解，rdf是描述A分子周围B分子的分布情况，觉得曲线应该是不相同的才对。（体系内大概有400个图中分子，CO2数目大概只有三四十）

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