在模拟电极电解液界面时，出现了电解液从Z方向进入到电极的另一侧的情况该如何避免？

hanyu123 · 发表于 Post on yesterday 20:02

各位大佬好，本人刚开始学习GROMACS有许多不明白的地方想请教一下大家。首先我在模拟电极电解液界面的时候，跑完eq发现有部分电解液从Z方向进入到了电极下表面，请问这种情况该怎么避免呢？我想让下方只有电极存在。这种情况我想了两种方法解决不知道是否可行，还请各位大佬指导。
1：限制电极的位置，通过在电极itp中使用position_restraints，或者对电极使用冻结（我看电极中的锌原子不是平整得，是不是模拟电极得时候都要加上限制？）
2：使用pbc=xy和nwall=2 取消Z方向上得周期性，使得溶剂分子不会从Z方向进入电极下表面。（这个方法我看关于wall得参数好多不太会设置，请问有什么例子可以学习一下吗？）
输入文件如图所示，欢迎各位大佬指导，万分感谢。

hanyu123 · 发表于 Post on yesterday 20:07

补充mdp文件

hanyu123 · 发表于 Post on yesterday 20:54

这是跑完em后的结构，底部也没有多余空间

sobereva · 发表于 Post on 3 hour ago

有别人回复之前若需要对帖子进行修改、补充，应直接编辑原帖，不要通过回帖进行补充，这点在置顶的新社员必读贴里明确说了。

用wall就完了。几句话说不清楚，北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/KGMX）里有具体例子可以参考

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[GROMACS] 在模拟电极电解液界面时，出现了电解液从Z方向进入到电极的另一侧的情况该如何避免？