COF分子动力学模拟模型构建的疑问

yolo-blossom · 发表于 Post on 5 hour ago

老师们好我目前想利用GROMACS模拟一个COF结构和一个蛋白，我从COF的数据库获得了这个COF结构的单体，如下图一。然后也利用了PACMAN生成了单体每一个原子的原子电荷、利用sobtop生成了COF的力场参数、利用Multiwfn将COF的cif文件也转换为了PDB文件。但是现在我有一个问题，就是我该如何通过这个COF的单体cif文件来构建如下图二这样的周期性的COF PDB文件或者GRO文件，从而利用GROMACS进行分子动力学模拟
图片一：

图片二：

sobereva · 发表于 Post on 3 hour ago

用Multiwfn载入cif，用下文提到的功能扩胞，导出gro文件就完了。也可以用gview、VESTA等程序扩胞，然后再用Multiwfn转换格式成gro
Multiwfn中非常实用的几何操作和坐标变换功能介绍
http://sobereva.com/610（http://bbs.keinsci.com/thread-24674-1-1.html）

yolo-blossom · 发表于 Post on 3 hour ago

sobereva 发表于 2024-11-27 15:52
用Multiwfn载入cif，用下文提到的功能扩胞，导出gro文件就完了。也可以用gview、VESTA等程序扩胞，然后再用 ...

非常感谢卢老师我明白如何操作了

slxc920113 · 发表于 Post on 3 hour ago

用AuToFF的MOF/COF模块

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[GROMACS] COF分子动力学模拟模型构建的疑问

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