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计算化学公社»论坛首页 › 理论与计算化学 (Theoretical and Computational Chemistry) › 第一性原理 (First-principles) › 关于cp2k的安装与计算异常消耗内存问题
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[CP2K] 关于cp2k的安装与计算异常消耗内存问题

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汪杰

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楼主
发表于 Post on 2024-11-28 15:24:44 | 只看该作者 Only view this author |只看大图 View big picture 回帖奖励 |倒序浏览 Reverse view |阅读模式 Reading model
背景：本人电脑里预先装好了intel mpi,然后使用了sob老师提供的教程进行cp2k的安装，

结果如上，它首先寻找到了intel编译器，然后安装了openmpi，后续就按照流程正常走完。
结果是，成功安装了cp2k，但是在运行时，出现了以下几点问题：

1. 运行途中，pkill cp2k后，没有产生续算文件restart.wfn，只有一个输出日志，我命名为log2的文件，
对于老师给出的算例，我也进行了计算，得到了restart.wfn与log还有一个wfn.bak.1文件，这里只给出log文件了
log2 (1004.33 KB, 下载次数 Times of downloads: 3)
log (2.18 MB, 下载次数 Times of downloads: 0)
2. 使用cp2k极其消耗内存，就老师给出的算例而言，竟然花了80多g的内存，我觉得这非常不正常！我之后又算了一个130原子体系，
花了300多g的内存，最后跑完后只给了一个log文件和.kp文件。

请各位给出点意见，解决一下问题。非常感谢！
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汪杰

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-11-28 15:26:32 | 只看该作者 Only view this author
这里是那个130原子体系的inp文件

CN2.inp

9.99 KB, 下载次数 Times of downloads: 6
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sobereva

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发表于 Post on 2024-11-28 17:48:07 | 只看该作者 Only view this author
汪杰 发表于 2024-11-28 15:26
这里是那个130原子体系的inp文件

有别人回复之前若需要对帖子进行修改、补充，应直接编辑原帖，不要通过回帖进行补充，这点在置顶的新社员必读贴里明确说了。

如置顶的新社员必读贴和论坛首页的公告栏所示，上传超过500KB的文本型文件上传前必须先压缩再上传，以节约论坛空间、节约下载耗时，以后注意
北京科音自然科学研究中心（http://www.keinsci.com）致力于计算化学的发展和传播，长期开办极高质量的各种计算化学类培训：初级量子化学培训班、中级量子化学培训班、高级量子化学培训班、量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班、分子动力学与GROMACS培训班、CP2K第一性原理计算培训班，内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路！培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》。
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息，并避免错过网上有价值的计算化学文章！
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群（群号见此链接），合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔，提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog：http://sobereva.com（发布大量原创计算化学相关博文）
Multiwfn主页：http://sobereva.com/multiwfn（十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序）
Google Scholar：https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
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sobereva

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发表于 Post on 2024-11-28 17:49:12 | 只看该作者 Only view this author
甭用Intel编译器，博文里明明用的是gfortran
编译CP2K之前把.bashrc里和Intel有关的配置都注释掉，重新进入终端后再编译CP2K。并且确保编译过程用的MPI和运行CP2K时活动的MPI是同一个
北京科音自然科学研究中心（http://www.keinsci.com）致力于计算化学的发展和传播，长期开办极高质量的各种计算化学类培训：初级量子化学培训班、中级量子化学培训班、高级量子化学培训班、量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班、分子动力学与GROMACS培训班、CP2K第一性原理计算培训班，内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路！培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》。
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Santz

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发表于 Post on 2024-11-28 19:54:24 | 只看该作者 Only view this author
显然是你安装得不对，这个任务最大用不到 80G 内存，随手测试了下 CP2K-2024.3（openmpi）和 CP2K-2022.2（intelmpi），前者 112 核最大使用内存 398M，后者 340M。  测试结果。
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汪杰

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-11-29 14:44:02 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-11-28 17:48
有别人回复之前若需要对帖子进行修改、补充，应直接编辑原帖，不要通过回帖进行补充，这点在置顶的新社员 ...

好的sob老师，以后注意
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