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[波函数分析求助] Multiwfn+VMD 绘制阴离子ESP问题求助

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根据社内博文内容,利用VMD+Multiwfn绘制了有关阴离子体系的ESP图 (iso)
根据Multiwfn分析的结果调整了Graphical Representations-Trajectory-color scale data range,但图像显示是一圈一圈的(我也调节了Material里的opacity等参数),效果不是很好。
请问各位老师们这是什么原因呢?

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发表于 Post on 2024-11-28 17:08:29 | 只看该作者 Only view this author
别自己写[Multiwfn使用咨询]这种标签,给你去了,以后注意!
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
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思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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发表于 Post on 2024-11-28 17:19:32 | 只看该作者 Only view this author
没细节信息没法说,严格照着下文操作,别额外手动改设置(至少把改过的都交代出来)
使用Multiwfn+VMD快速地绘制静电势着色的分子范德华表面图和分子间穿透图(含视频演示)
http://sobereva.com/443http://bbs.keinsci.com/thread-11080-1-1.html
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-11-29 09:57:37 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-11-28 17:08
别自己写[Multiwfn使用咨询]这种标签,给你去了,以后注意!

好的老师!下次一定注意!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-11-29 10:08:39 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-11-28 17:19
没细节信息没法说,严格照着下文操作,别额外手动改设置(至少把改过的都交代出来)
使用Multiwfn+VMD快速 ...

老师我并没有额外手动改什么设置,打开VMD输入iso后,阴离子体系显示的是全蓝的,然后就是按照Multiwfn计算出的结果,将color scale data range改为了-0.21--0.19(BF4-),显示出的颜色就不太均匀,然后将Material改为了Transparent,opacity我调到了0.51,就是如图所示的效果。另外之前绘制TFSI阴离子时没有遇到这个情况,主要就出现在BF-、ClO4-和NO3-的绘制过程中。

感谢老师解答!

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发表于 Post on 2024-12-2 05:23:33 | 只看该作者 Only view this author
TTgyt 发表于 2024-11-29 10:08
老师我并没有额外手动改什么设置,打开VMD输入iso后,阴离子体系显示的是全蓝的,然后就是按照Multiwfn计 ...

跟体系有关,是当前体系静电势的等值面与电子密度等值面的形状过于接近所致。可以考虑加大电子密度等值面的数值(此时ESPiso.bat里的-ESPrhoiso 0.001需去掉然后重算)。另外,减小格点间距(即增加格点数)也可以一定程度令图像效果好点。
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