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[CP2K] VMD将NPT系综下得到的动力学轨迹导出为pdb格式文件时盒子信息的处理问题

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楼主
动力学轨迹文件是使用CP2K,并在NPT系综下得到的dcd文件。我希望用VMD将轨迹导出为pdb格式,并用Multiwfn转换为cif文件。现在遇到一个问题,从VMD导出pdb文件时,盒子信息只有一个,并不是每帧都有盒子信息,但是NPT系综下盒子尺寸一直在变,所以我想请教下怎么得到每一帧的结构及其盒子尺寸信息。

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发表于 Post on 2024-12-2 03:35:00 | 只看该作者 Only view this author
Multiwfn没法把多帧pdb文件转换成多帧cif文件
每帧拆成单独pdb文件,写脚本批量转换倒是可以
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-12-2 13:39:39 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-12-2 03:35
Multiwfn没法把多帧pdb文件转换成多帧cif文件
每帧拆成单独pdb文件,写脚本批量转换倒是可以

这个脚本倒是可以写,但是vmd导出多帧pdb只有一个盒子信息(没法导出每一帧的盒子尺寸)的问题我还是不清楚怎么解决。NPT过程盒子大小有波动,后续想计算几个帧的高精度单点能,不知道可不可以用NPT跑出来的平均盒子尺寸呢?

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发表于 Post on 2024-12-2 14:13:48 | 只看该作者 Only view this author
ljh123 发表于 2024-12-2 13:39
这个脚本倒是可以写,但是vmd导出多帧pdb只有一个盒子信息(没法导出每一帧的盒子尺寸)的问题我还是不清 ...

所以说要拆成单帧pdb文件导出
另外如果之后要算高精度单点,不建议用pdb格式,记录的小数位数精度太有限
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