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[GROMACS] 如何使用gromacs模拟小分子溶液挥发成膜过程

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各位老师们,大家好,本人最近想计算“小分子溶液的成膜过程”,小分子溶液的npt模拟已跑完,想咨询一下通过什么样的方法让体系的溶剂分子逐渐减少

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发表于 Post on 2024-12-12 13:06:10 | 只看该作者 Only view this author
写个脚本,自动反复续跑,跑一段时间就自动删除一些蒸发出去的分子(根据坐标范围判断)重新产生tpr文件并跑动力学
要么设个吸引墙,蒸发出去的分子最后会被真空层上方的墙吸住,再也回不来,相当于蒸发走了
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-12-12 16:46:57 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-12-12 13:06
写个脚本,自动反复续跑,跑一段时间就自动删除一些蒸发出去的分子(根据坐标范围判断)重新产生tpr文件并 ...

好嘞,谢谢社长。方便问一下您通过什么指令来随机删除分子呢?

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发表于 Post on 2024-12-13 01:47:53 | 只看该作者 Only view this author
lmylmylmy 发表于 2024-12-12 16:46
好嘞,谢谢社长。方便问一下您通过什么指令来随机删除分子呢?

是删除蒸发到某个坐标范围的分子而不是随机删
自己写程序
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-12-13 13:30:20 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-12-13 01:47
是删除蒸发到某个坐标范围的分子而不是随机删
自己写程序

了解了,谢谢

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发表于 Post on 21 hour ago | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-12-12 13:06
写个脚本,自动反复续跑,跑一段时间就自动删除一些蒸发出去的分子(根据坐标范围判断)重新产生tpr文件并 ...

sob老师,我对比了设置吸引墙和脚本删除蒸发分子,我发现前者在物理上实际上是不合理的,这样会导致模拟的蒸发加快,并且液滴扁平;后者就没有这个问题

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发表于 Post on 19 hour ago | 只看该作者 Only view this author
方方方 发表于 2025-8-12 00:44
sob老师,我对比了设置吸引墙和脚本删除蒸发分子,我发现前者在物理上实际上是不合理的,这样会导致模拟 ...

把墙的距离设得足够远,原理上不会有这个问题,此时墙以及墙上吸附的分子已经与液体表面的分子没有相互作用了,原理上不会造成蒸发得更快
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发表于 Post on 4 hour ago | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-8-12 02:40
把墙的距离设得足够远,原理上不会有这个问题,此时墙以及墙上吸附的分子已经与液体表面的分子没有相互作 ...

的确是这样,但也会增加计算损耗;脚本去除粒子就没这个问题

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