想在有机溶剂里（比如50%的甲醇）做蛋白的分子动力学模拟，应该怎么做呢

栗子123 · 发表于 Post on 2024-12-12 15:39:32

大佬们，我现在想在有机溶剂里（比如50%的甲醇）做蛋白的分子动力学模拟，应该怎么做呢

wake19 · 发表于 Post on 2024-12-12 16:09:38

需要帮你做吗

student0618 · 发表于 Post on 2024-12-12 21:53:20

本帖最后由 student0618 于 2024-12-13 00:11 编辑

预备好拓朴和gro后用gmx insert-molecules放进盒子。
要注意会否放到蛋白内不恰当位置，可能要调整一下。

要更好的调整可以用Packmol。

栗子123 · 发表于 Post on 2025-1-13 21:42:45

student0618 发表于 2024-12-12 21:53
预备好拓朴和gro后用gmx insert-molecules放进盒子。
要注意会否放到蛋白内不恰当位置，可能要调整一下。
...

谢谢指导，但是我现在做的还有些问题。
我是得到拓扑和gro之后用gmx insert-molecules插入甲醇，然后用gmx solvate添加水,再之后生成tpr文件时会报错：
Fatal error:
number of coordinates in coordinate file (s1_solv.gro, 34487)
does not match topology (topol.top, 31277)
您可以帮我解答一下吗

student0618 · 发表于 Post on 2025-1-14 01:03:57

栗子123 发表于 2025-1-13 21:42
谢谢指导，但是我现在做的还有些问题。
我是得到拓扑和gro之后用gmx insert-molecules插入甲醇，然后用g ...

检查拓朴中各种分子数目是否正确

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