如何用NCI分析一个大分子其中的一部分？

15whyhq · 发表于 Post on 2017-2-16 09:52:09

用oniom计算离子液体催化二氧化碳的反应机理的过渡态时，我想分析这个过渡态的弱相互作用，但是只需要分析其中催化中心QM部分，我应该如何使用NCI分析，如何用Multiwfn作图？非常感谢！

teller3531 · 发表于 Post on 2017-2-16 14:58:45

离子液单个分子应该也没有多大吧，取出来做个单点，剩下的就好做了

15whyhq · 发表于 Post on 2017-2-16 15:14:32

teller3531 发表于 2017-2-16 14:58
离子液单个分子应该也没有多大吧，取出来做个单点，剩下的就好做了

没有懂你的意思，麻烦详细解释下，谢谢！

teller3531 · 发表于 Post on 2017-2-16 15:38:52

我说的也不一定正确，你看看sob老师的这篇帖子 http://sobereva.com/186

15whyhq · 发表于 Post on 2017-2-16 16:47:35

本帖最后由 15whyhq 于 2017-2-16 16:55 编辑

按照Multiwfn手册4.13.4节的例子，不知道 an atom list files 是怎么得到的？.txt文件是自己编的吗？谁会麻烦告诉下，谢谢！

sobereva · 发表于 Post on 2017-2-16 17:17:39

首先注意oniom计算产生的fch文件没法被multiwfn处理，oniom计算也没法产生波函数文件。

你可以对整体在DFT/6-31G*基组下产生波函数文件然后给multiwfn处理，毕竟只是中小基组下算个单点，原子<200的话是没有压力的。或者如果整体实在算不动，你把局部区域抠出来做个单点。要么就只能用promolecular近似形式的RDG，只需要提供优化后的结构即可，但RDG分析精度会比基于量化算的密度来分析低。

atom list文件是手动编写的，手册已经明确给出例子了：
Now prepare an atom list files, e.g. C:\ltwd\atmlist.txt, the content should be
13
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13

15whyhq · 发表于 Post on 2017-2-16 20:00:05

sobereva 发表于 2017-2-16 17:17
首先注意oniom计算产生的fch文件没法被multiwfn处理，oniom计算也没法产生波函数文件。

你可以对整体在D ...

谢谢！老师，您说的意思是如果整体实在算不动，把局部区域抠出来做个单点的fchk文件用multiwfn处理？

sobereva · 发表于 Post on 2017-2-16 20:21:39

15whyhq 发表于 2017-2-16 20:00
谢谢！老师，您说的意思是如果整体实在算不动，把局部区域抠出来做个单点的fchk文件用multiwfn处理？

是

15whyhq · 发表于 Post on 2017-2-16 21:51:52

sobereva 发表于 2017-2-16 20:21
是

老师，为什么oniom计算不能产生波函数文件？抠出来的部分做NCI分析得到的数据对吗？为什么可以这样做呢？谢谢！

sobereva · 发表于 Post on 2017-2-17 00:55:31

15whyhq 发表于 2017-2-16 21:51
老师，为什么oniom计算不能产生波函数文件？抠出来的部分做NCI分析得到的数据对吗？为什么可以这样做呢？ ...

你搞清楚ONIOM的原理自然就知道为什么不能，不同区域都不在一个级别，怎么产生整体的波函数文件
抠出来部分可以，但也必须取得足够大，尽量弱化这样做导致的人为虚假因素。

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