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[Gaussian/gview] 已找到中间体,确认是最稳定构型,从中间体怎么再到过渡态?

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已找到中间体,并对中间体构型进行确认最稳定构型,但是再从最稳定构型放开搜寻过渡态怎么也找不到。(已附结构图和坐标)


# opt=(calcfc,ts,noeigen) freq ub3lyp def2svp empiricaldispersion=gd3 integral=grid=ultrafine scf=(varacc,maxcycle=188) scrf=(IEFPCM,solvent=acetonitrile)   
0 3
Mn                 1.02262000   -0.05009600    0.38239900
C                  3.69201300   -0.85767300   -0.75707900
C                  3.48149800    1.34266200   -0.66061800
C                  4.91848500   -0.28879100   -1.28300100
C                  2.95216300    2.61137200   -0.43166200
C                  4.78702200    1.06708400   -1.22547300
C                  2.35025000   -2.68252700   -0.23303000
H                  5.74979000   -0.88985700   -1.64471400
C                  1.70029100    2.87273600    0.11990200
H                  5.49769900    1.83274400   -1.53277000
C                  2.11159900   -4.11317100   -0.17463500
C                  1.16274100    4.19011900    0.39223800
C                  0.85799000   -4.28971600    0.32976700
H                  2.84140400   -4.85418100   -0.49324500
C                  0.31533700   -2.97065300    0.58954200
C                 -0.06625700    4.01137000    0.95572600
H                  1.68188100    5.12234200    0.17507900
C                 -0.29744100    2.58184500    1.02780900
H                  0.32601300   -5.22057000    0.52002200
C                 -0.94760900   -2.70767200    1.11553500
H                 -0.78408000    4.75173300    1.30136700
C                 -1.46026300   -1.43961300    1.37243500
C                 -1.64046700    0.75797600    1.54426100
C                 -2.77127400   -1.16433900    1.92617100
C                 -2.88250300    0.18768700    2.03372600
H                 -3.50526400   -1.92866000    2.17292900
H                 -3.71590300    0.78758600    2.39049100
F                  0.37369000   -0.02442800   -1.28523500
F                  1.70071300   -0.08053900    2.00498800
N                 -1.41185500    2.05669500    1.50791900
N                  0.79078600    1.92605500    0.50865700
N                 -0.80782200   -0.25971900    1.14300800
N                  2.85096700    0.16143800   -0.38530000
N                  1.23891400   -2.02594600    0.23911200
N                  3.47411000   -2.15968800   -0.68686200
H                  3.57196700    3.46914700   -0.69786000
H                 -1.58627200   -3.56200000    1.34409000
C                 -4.84589800   -1.79701200   -1.10932200
C                 -3.48453000   -1.94702800   -1.42332300
C                 -2.66586700   -0.83664000   -1.58072800
C                 -3.18424200    0.48682300   -1.43425400
C                 -4.56987300    0.61446200   -1.11431500
C                 -5.37693700   -0.50722900   -0.95587800
H                 -5.48591600   -2.67471400   -0.98769300
H                 -3.05903400   -2.94832800   -1.53643300
H                 -1.59989100   -0.95269700   -1.78522300
H                 -5.00316900    1.60875300   -0.98630600
H                 -6.43507700   -0.38107700   -0.70930900
C                 -2.32581800    1.60655700   -1.58689800
C                 -2.76706100    3.02491100   -1.42974400
H                 -3.09289400    3.22937300   -0.39155900
H                 -1.95071700    3.72564300   -1.65773700
H                 -1.26871300    1.39479400   -1.76324100
H                 -3.62276100    3.27398800   -2.08429000



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发表于 Post on 2025-1-9 18:55:00 | 只看该作者 Only view this author
试过柔性扫描了吗
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?hl=zh-CN&user=XW6C6eQAAAAJ&view_op=list_works&sortby=pubdate
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1034/1702.htm
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发表于 Post on 2025-1-9 23:57:57 | 只看该作者 Only view this author
当前结构根本没有过渡态模样,只是个极小点或其附近结构,显然不可能收敛到过渡态去。你也没给出反应机理,别人也不可能知道你要找什么过渡态
看下文了解常识
简谈Gaussian里找过渡态的关键词opt=TS和QST2、3
http://sobereva.com/460http://bbs.keinsci.com/thread-12093-1-1.html
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-1-10 10:02:29 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2025-1-9 18:55
试过柔性扫描了吗

请问找到最稳定构型之后,需要在进行RPES进行扫描找到能量高点,保存高点结构进行TS嘛?

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发表于 Post on 2025-1-10 17:37:58 | 只看该作者 Only view this author
jyl2 发表于 2025-1-10 03:02
请问找到最稳定构型之后,需要在进行RPES进行扫描找到能量高点,保存高点结构进行TS嘛?

什么叫RPES?
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?hl=zh-CN&user=XW6C6eQAAAAJ&view_op=list_works&sortby=pubdate
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1034/1702.htm
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-1-10 19:28:35 | 只看该作者 Only view this author

就是柔性扫描

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发表于 Post on 2025-1-10 20:08:01 | 只看该作者 Only view this author

《详谈使用Gaussian做势能面扫描》
http://sobereva.com/474

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发表于 Post on 2025-1-10 20:19:36 | 只看该作者 Only view this author

那个叫relaxed scan
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?hl=zh-CN&user=XW6C6eQAAAAJ&view_op=list_works&sortby=pubdate
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1034/1702.htm
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-1-13 20:16:18 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-1-9 23:57
当前结构根本没有过渡态模样,只是个极小点或其附近结构,显然不可能收敛到过渡态去。你也没给出反应机理, ...

我明白了 谢谢社长

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-1-13 20:16:31 | 只看该作者 Only view this author
sai77 发表于 2025-1-10 20:08
《详谈使用Gaussian做势能面扫描》
http://sobereva.com/474

谢谢

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-1-13 20:17:09 | 只看该作者 Only view this author

谢谢 我明白您的意思了

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-1-13 20:24:27 | 只看该作者 Only view this author
找到最稳定构型后,需要对此构型进行RPES,找出最佳过渡态构型,在进行ts

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