同一个分子的多个高斯计算out（或log）文件，如何快速合并成一个单一的.xyz文件？

qcn1211 · 发表于 Post on 2025-1-21 12:21:06

同一个分子的多个高斯计算out（或log）文件，如何快速合并成一个单一的.xyz文件？

imasen · 发表于 Post on 2025-1-21 13:38:29

用multiwfn批量将高斯输出文件转化成xyz文件（http://bbs.keinsci.com/thread-16161-1-1.html），然后用cat命令合并就行了，比如cat *.xyz > merged.xyz。

out2mergedxyz.sh (386 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 9)

qcn1211 · 发表于 Post on 2025-1-22 11:43:29

imasen 发表于 2025-1-21 13:38
用multiwfn批量将高斯输出文件转化成xyz文件（http://bbs.keinsci.com/thread-16161-1-1.html），然后用cat ...

谢谢你

qcn1211 · 发表于 Post on 2025-5-14 20:56:57

在集群上做优化的out文件，想合并成xyz文件，然后在工作站用molclus的isostat功能去重复结构，如何实现？

wzkchem5 · 发表于 Post on 2025-5-15 09:03:02

qcn1211 发表于 2025-5-14 20:56
在集群上做优化的out文件，想合并成xyz文件，然后在工作站用molclus的isostat功能去重复结构，如何实现？

out合成xyz的方法这个帖子里已经说了
用isostat去重的做法在sob老师的博文里说了
既然两步都有现成教程，两步合起来也不会有任何困难

qcn1211 · 发表于 Post on 2025-5-15 09:20:24

wzkchem5 发表于 2025-5-15 09:03
out合成xyz的方法这个帖子里已经说了
用isostat去重的做法在sob老师的博文里说了
既然两步都有现成教程 ...

Error: Unable to load energy from comment line of this file! Probably this file was not generated by Molclus. 谢谢你的解答，但是它提示这个错误。

wzkchem5 · 发表于 Post on 2025-5-15 11:04:14

qcn1211 发表于 2025-5-15 09:20
Error: Unable to load energy from comment line of this file! Probably this file was not generated ...

写一个脚本，批量读取out文件的能量，然后批量插入到xyz文件里。
如果不会写，就让deepseek写，指明是高斯产生的out文件，再给一个molclus产生的xyz文件的范本（两者缺一不可）。然后试跑一下，验证能不能跑通，xyz文件里的能量是否正确，如果不能，把错误信息告诉deepseek，让它改

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