Gaussian优化后结果试图获得chk文件时出现Error: segmentation violation

dodobird1 · 发表于 Post on 2025-1-23 16:04:32

萌新，这个体系我之前先用超算进行过了opt+freq后，因为超算不提供chk文件输出，而我又需要chk文件进行氢键强度的计算，所以在自己的主机（基本和sobereva.com/444中的7950x服务器配置一致）上另存了超算算的opt最后模型，进行计算，系统是ubuntu 24.04安装的Gaussian 09W E.01，发现运行一分钟左右之后就报错，错误信息为在命令行出现Error: segmentation violation, address not mapped to object和大量链接、十六进制数与字符串。运行其他gjf仍然可以正常进行，但是运行所有在超算opt+freq之后另存的gjf都会出现相同的报错情形。

gjf与log在附件中，chk文件是一大堆空格，chk无法用gv打开显示球棍模型，而是显示没有原子。gjf与out中的文件路径里的用户名被我删了。

恳请各位老师指导我改正错误。

wal · 发表于 Post on 2025-1-23 16:29:16

什么超算能单单不提供chk输出的这么抽象
你给的高斯文件看着是没什么毛病按理说能不能运行跟转化来的还是自己敲的没关系啊
Linux的chk不能直接在Windows打开要先formchk 虽然你这个没运行完打开也没啥意义

dodobird1 · 发表于 Post on 2025-1-23 16:43:34

wal 发表于 2025-1-23 16:29
什么超算能单单不提供chk输出的这么抽象
你给的高斯文件看着是没什么毛病按理说能不能运行跟转化来的还 ...

是啊，投诉下pku超算中心
是啊，是不是能量已经在优化范围内gaussian就不优化了
是啊，但是在windows照样打不开

PLwang · 发表于 Post on 2025-1-23 17:26:30

1. 我不清楚你们超算为什么不提供chk输出，你确定自己在输入时写了%chk=FILENAME.chk了吗
2. 超算opt最后的模型，如果不能直接计算，你就先导出一个mol文件，然后重新编gjf，重新计算。因为你也提到了运行其他gjf是正常的；
3. 自己电脑氢键强度之类的，你不需要再opt和freq，直接算energy就可以。一般小体系的energy甚至不需要linux，windows系统下都能稳定跑完。

dodobird1 · 发表于 Post on 2025-1-23 17:56:08

PLwang 发表于 2025-1-23 17:26
1. 我不清楚你们超算为什么不提供chk输出，你确定自己在输入时写了%chk=FILENAME.chk了吗
2. 超算opt最后 ...

1 怎么说呢……导师拿去算的，拿回来就跟我们说超算（pku的）不生成chk，也不知道为什么。
2 我是把out另存为gjf，理论上不会有影响吧。还是需要转一次mol？
3 我过会儿试试，现在主机跑上别的任务了

PLwang · 发表于 Post on 2025-1-23 20:15:37

dodobird1 发表于 2025-1-23 17:56
1 怎么说呢……导师拿去算的，拿回来就跟我们说超算（pku的）不生成chk，也不知道为什么。
2 我是把out ...

1. 我没有办法打开你上传的gjf，但是我不太理解为什么你们需要专门的把一个计算任务送出去到pku算。除非你们的体系非常大？正常来讲，你们直接去外面的商业化服务器就可以；
2. 第二个你可以试一试，但我的习惯是先转mol再拿mol转gjf；

hebrewsnabla · 发表于 Post on 2025-1-23 20:43:54

先检查gjf里面并行核数和内存设置是否合理，设置的mem有没有超出机器的内存。

dodobird1 · 发表于 Post on 2025-1-23 21:20:31

hebrewsnabla 发表于 2025-1-23 20:43
先检查gjf里面并行核数和内存设置是否合理，设置的mem有没有超出机器的内存。

并行核数默认，内存60G，机子有64G，应该没问题，您看下一步呢

wbqdssl · 发表于 Post on 2025-1-23 22:02:34

本帖最后由 wbqdssl 于 2025-1-23 22:22 编辑

我用你的文件算了一下，没什么问题啊

3mol5-chk.gjf (2.73 KB, 下载次数 Times of downloads: 5)

3mol5.zip (3.61 MB, 下载次数 Times of downloads: 8)

dodobird1 · 发表于 Post on 2025-1-23 22:30:03

本帖最后由 dodobird1 于 2025-1-23 22:41 编辑

wbqdssl 发表于 2025-1-23 22:02
我用你的文件算了一下，没什么问题啊

不知道。。我用您附的gjf试了试还是同样的问题。是不是我的g09w e01太老了？

dodobird1 · 发表于 Post on 2025-1-23 22:41:57

PLwang 发表于 2025-1-23 20:15
1. 我没有办法打开你上传的gjf，但是我不太理解为什么你们需要专门的把一个计算任务送出去到pku算。除非 ...

私信

dodobird1 · 发表于 Post on 2025-1-24 12:00:09

wbqdssl 发表于 2025-1-23 22:02
我用你的文件算了一下，没什么问题啊

谢谢您，我又又按您的算了一遍，删了g09defaults（因为g09没有这个关键词，好像16才有？）然后就可以运行了（至少l401没报错）

wbqdssl · 发表于 Post on 2025-1-24 12:57:17

dodobird1 发表于 2025-1-24 12:00
谢谢您，我又又按您的算了一遍，删了g09defaults（因为g09没有这个关键词，好像16才有？）然后就可以运行 ...

不客气；我的是G16,你现在是G09。加了这个关键词后用G16算出来的结果和G09一样，你用G09就不需要加了。有其他问题再回复吧。

sobereva · 发表于 Post on 2025-1-24 14:32:26

如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问，并清楚、准确反映出帖子具体内容，避免有任何歧义和含糊性，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题 “Gaussian优化后结果试图获得chk文件时” 改了，以后务必注意！下次将删帖+扣分处理。

dodobird1 · 发表于 Post on 2025-1-24 19:09:02

sobereva 发表于 2025-1-24 14:32
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此 ...

好的好的，谢谢sob老师提醒，这次可能是我输了一半没存上就设定了，我也没注意

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[Gaussian/gview] Gaussian优化后结果试图获得chk文件时出现Error: segmentation violation

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