用antechamber处理小分子的问题

tianflame

大家好：

我用antechamber处理以下小分子的mol2文件，见附件图片，事先在GaussView进行了rebond并保存为mol2文件：

使用的命令和输出的warning如下：
[root@localhost mol2]# antechamber -i niy.mol2 -fi mol2 -o niy.prepi -fo prepi -c bcc -at amber
Unknown bond type for BOND(C6-C7:Ar), assuming it is a single bond
Unknown bond type for BOND(C6-C8:Ar), assuming it is a single bond
Unknown bond type for BOND(C7-C9:Ar), assuming it is a single bond
Unknown bond type for BOND(C8-C10:Ar), assuming it is a single bond
Unknown bond type for BOND(C9-C11:Ar), assuming it is a single bond
Unknown bond type for BOND(C10-C11:Ar), assuming it is a single bond
Unknown bond type for BOND(N13-O14:Ar), assuming it is a single bondTotal number of electrons: 118; net charge: 0

请问为何程序无法识别出这些bond type？如何才能让程序识别？
另外得到的prepi文件为：

    0    0    2
This is a remark line
molecule.res
MOL   INT  0
CORRECT     OMIT DU   BEG
  0.0000
   1  DUMM  DU    M    0  -1  -2     0.000      .0        .0      .00000
   2  DUMM  DU    M    1   0  -1     1.449      .0        .0      .00000
   3  DUMM  DU    M    2   1   0     1.523   111.21       .0      .00000
   4  O4    O2    M    3   2   1     1.540   111.208  -180.000 -0.750300
   5  C3    C     M    4   3   2     1.259   135.780    92.416  0.940600
   6  O16   O2    E    5   4   3     1.259   119.968  -126.031 -0.750300
   7  C2    CT    M    5   4   3     1.539   119.994    53.850 -0.078500
   8  N1    N3    3    7   5   4     1.470   109.499  -149.983 -0.833600
   9  H17   H     E    8   7   5     1.000   109.495  -179.927  0.445800
  10  H18   H     E    8   7   5     1.000   109.484    60.042  0.445800
  11  H19   H     E    8   7   5     1.000   109.478   -59.903  0.445800
  12  H20   HP    E    7   5   4     1.071   109.468    90.058  0.090700
  13  C5    CT    M    7   5   4     1.540   109.537   -29.909 -0.048100
  14  H21   HC    E   13   7   5     1.070   109.444   -60.013  0.098200
  15  H22   HC    E   13   7   5     1.071   109.461    59.938  0.098200
  16  C6    CA    M   13   7   5     1.539   109.500   179.997 -0.147300
  17  C7    CA    M   16  13   7     1.401   120.023   150.027 -0.068000
  18  H23   HA    E   17  16  13     1.070   120.042    -0.093  0.162000
  19  C9    CA    M   17  16  13     1.402   120.009  -179.995 -0.274200
  20  N13   NO    B   19  17  16     1.470   119.965   179.947  0.325200
21  O14   DU    E   20  19  17     1.237   119.954   179.910 -0.216500
  22  O15   DU    E   20  19  17     1.360   120.009    -0.017 -0.216500
  23  C11   CA    M   19  17  16     1.400   119.996    -0.082  0.226100
  24  O12   OH    S   23  19  17     1.430   120.015  -179.946 -0.484100
  25  H26   HO    E   24  23  19     0.960   109.472    29.978  0.471000
  26  C10   CA    M   23  19  17     1.401   120.009     0.022 -0.171000
  27  H25   HA    E   26  23  19     1.070   120.016   179.975  0.173000
  28  C8    CA    M   26  23  19     1.401   120.019     0.029 -0.044000
  29  H24   HA    E   28  26  23     1.069   120.035   179.995  0.163000

LOOP
   C8   C6
IMPROPER
   C2   O4   C3  O16
   C7   C8   C6   C5
   C6   C9   C7  H23
   C7  C11   C9  N13
   C9  O14  N13  O15
   C9  C10  C11  O12
  C11   C8  C10  H25
   C6  C10   C8  H24
DONE
STOP

好像硝基的两个氧原子没有指定好：
21  O14   DU    E   20  19  17     1.237   119.954   179.910 -0.216500
  22  O15   DU    E   20  19  17     1.360   120.009    -0.017 -0.216500


请问我可以手动修改吗？如何修改？GAFF原子类型中氧有以下几种：
o  : Oxygen with one connected atom
oh : Oxygen in hydroxyl group
os : Ether and ester oxygen
ow : Oxygen in water
请问第一种合适吗？硝基中的氧应该是哪一种呢？

另外我看prepi文件中指定的原子类型都是大写，而GAFF原子类型却是小写，请问二者有区别吗，是如何联系统一在一起的？

问题比较初级，请见谅，谢谢！

sobereva

把-at amber去掉，要不然antechamber是按照AMBER力场而不是GAFF力场指认的原子类型
AMBER力场原子名都是大写，GAFF是小写，以此可以一起使用而不造成冲突