求助：20W预算购置服务器，主要计算GAUSSIAN，ANSYS Fluent，GROMACS

ZHANHAHA

楼主目前在一家药企工作，公司领导想搞一搞计算化学来对平时的工作进行指导，去年申请了20W的预算，楼主多方查找发现了这个好论坛学习了一段时间，自己根据大佬们的建议进行了如下配置：
一台作为CPU计算的节点，主要用于GAUSSIAN及Fluent的计算，配置如图所示：

另搞三台GPU计算节点，主要用于GROMACS计算，配置如图所示：

GPU计算的配置中间也有考虑过4卡准系统类型的机器，但是调查发现普遍很昂贵，大概单台就得近20W，而且4090并行计算效率较低，所以后面改成了单独配三个节点，还没法考虑买散件自己组，因为公司采购流程比较麻烦，一旦出问题不好售后

计算节点的配置主要参考社长帖子（计算化学购机配置推荐 - 思想家公社的门口：量子化学·分子模拟·二次元）与熵佬帖子（性能翻倍？RTX4090科学计算之经典MD模拟全面测试 - 硬件配置与采购 (Hardware Configuration and Procurement) - 计算化学公社）
另外为了通过从办公电脑进行远程登录，任务投递，节点管理，数据查看与处理等操作，考虑再购买两台常规配置的电脑，配置如图所示：

另外为了能够保证节点间的通信以及数据存储，还需要交换机以及NAS，具体要求如图所示：

整套的大致价格约22W（公司买东西需要交13%的增值税，吐血），稍稍超出预算，CPU计算与GPU计算使用的预算基本平衡

几个问题：
1、楼主目前规划的配置是否有不合理的地方？是否具有更优配置方案楼主尚未发现？
2、交换机与NAS楼主不太懂，二者的预算是否合理？这套服务器还缺少必备的组件吗？服务器可以或需要组建集群吗？
3、CPU与GPU计算节点上应该安装什么版本的Linux系统？Ubuntu、centos还是rocky还是其他类型的系统？有看到讲GPU计算的帖子的系统（Centos stream 9 安装Gromacs 2023.1（GPU加速版）教程 - 分子模拟 (Molecular Modeling) - 计算化学公社）

4、任务管理应该使用什么，Slurm？PBS？这个有推荐吗？任务管理软件和系统类型绑定吗？楼主目前还没做过计算，正在入门的路上

@Sobereva @Entropy.S.I 请求两位大佬的帮助也希望论坛的各位都能提供楼主一些建议谢谢大家

zdb

1.公司有没有机房放置，有机房可以考虑4卡平台，4090并行效率低，可以单卡分开计算，和搞三台一样，可以剩下部分平台的钱；
2.4090估计你这个预算现在有点难，基本都是2W多的价格了；
3.集群以你目前的规划是不需要跨节点并行计算，有集群方便管理，推荐slurm集群；
4.万兆交换机可以改为千兆，加了万兆交换机每台机器就需要万兆网卡，而对于跨节点并行来说目前都是使用Infiniband，但是你目前的预算，花在Infiniband交换机上大几万不值当；
5.系统建议rocky，ubuntu也可以，主要问题在于ubuntu更新容易出现掉驱动的现象

zdb

1.你的搭配很详细，基本没有什么不足的地方，公司是否有机房放置服务器；
2.集群这块要看你是否用的到跨节点并行，以目前你的配置来看不需要，那么交换机可以换成千兆，万兆交换机需要每台机器加张万兆网卡；
3.不用跨节点计算也可以搭建集群方便节点间的管理访问，推荐slurm；
4.系统推荐ubuntu或者rocky，ubuntu存在的问题是容易在升级内核后丢失显卡驱动；
5.建议4卡 平台，可以节省平台多出来的价格，如果必须品牌的话那的确四卡平台贵，组装还是可以剩下的，至于并行计算效果，单台也是单卡计算，需要的时候可以多卡并行，分开几台在想集群并行，千兆、万兆传输速率影响很大，Infiniband交换机一个大几万，现在的预算不支持；
6.4090现在价格基本在2W加，整套做下来和你计算的可能还稍有偏差

ZHANHAHA

zdb 发表于 2025-2-17 17:31
1.你的搭配很详细，基本没有什么不足的地方，公司是否有机房放置服务器；
2.集群这块要看你是否用的到跨节 ...

非常感谢大佬的建议！
1. 公司有机房，具体放置有IT部门的同事负责
2. 目前根据预算又砍掉了一台GPU的计算节点，也就是说4090就剩俩了，然后给CPU的计算节点的内存增加到了1536G，不进行跨节点并行计算的话，那么看来交换机只要起到传递任务、返回数据、定期将数据备份到NAS的功能了，确实不需要万兆
3与4. 好的，楼主钻研一下Slurm与rocky系统的部署，我们计划与IT同事共同完成这部分内容
5与6. 图片里的配置价格是询问了tb店家给出的，4卡平台因为购买昂贵先不考虑，具体购置价格后续会进一步跟踪并在帖子里更新

dodobird1

1. 现在买4090确实会不太合算，如果很着急用的花其实或许可以考虑双3090Ti新卡代替一个4090，毕竟显存比较大，而且价格8000左右，基本上在高端里面也是最合算的了，，当然我也不是很专业，只是觉得这样更好
系统方面rocky，slurm都可以，找一些国内常用的出了问题高解决
别的问题都不大，也很详尽了。

abin

看你的描述，应该做成简易集群模式……

自己动手组建的话，
可以参考这里提到的集群架构方案推荐。
https://labitc.top/

https://hpc4you.github.io/


如果喜欢可视化Web操作界面，
可以考虑Open OnDemand,
安装有困难的话，可以使用我捣鼓的自动安装包。

也可使用openSCOW作为可是界面……
不过SCOW的技术支持，费用不低。

ZHANHAHA

感谢大家的回复我研究一下集群方案，这方面还不是太懂

dodobird1

dodobird1 发表于 2025-2-25 00:07
1. 现在买4090确实会不太合算，如果很着急用的花其实或许可以考虑双3090Ti新卡代替一个4090，毕竟显存比较 ...

没仔细算，根据你们的需求可能四个13700k+3090Ti节点或者两个14900ks+双3090Ti交火节点（你们对GPU节点的CPU性能要没特殊要求其实也不用这么好的CPU，内存也只用ddr4即可）现在性价比比较高
如果4090D在之前1.4w左右的话我就不会推荐这套方案了，毕竟交火或者多节点的总体性能差不多还麻烦一点，奈何现在的4090D溢价太严重，也会超出你的预算

gog

土豪配置

hanshan

Intel 14代CPU有设计缺陷，价格很低，所以奸商就开始推了吗，哈哈

yzh

可以的，有钱

JianyuC

预算充足就是好啊，集群、NAS、CPU密集、GPU密集各方面都能体验一把，属实是羡慕了。请问10W预算是否能体验到相似结构的小集群？最近想配一个类似的东西，需要同时兼顾CPU密集和GPU密集，初步想法是组一个双机mini集群，不知是否可行？

JianyuC

强烈建议换掉14600KF，价格暴跌是有原因的，虽然只是个管理节点