展示一下使用ChemCrackX对分子进行近极点快速采样的效果

Hugo_314cat

ChemCrackX是个人在2024年2月份开始开发的一个综合性计算化学辅助工具包，旨在用尽量少的人力去做尽量多的活儿。目前CCX还在不断地开发和调试当中。

为什么要做这个事儿呢？因为我实在不知道我的统计课的期末论文应该写什么，于是思来想去还是整个烂活滥竽充数一下，保过。后来觉得可以把这个功能放进CCX里，遂在这里展示一下，让大家见见笑。
原理很简单，给每个DoF分配一定的能量。对于刚性分子来说这个方法挺管用的，但是柔性分子不行，因为Correlation太严重了。
我并不想加水印，既费事儿又影响美观。但我更不希望我的图出现在别人的广告里。

下面给一些实例：

50次采样，能量分配0.0005Hartree，耗时0.14s


50次采样，能量分配0.0005Hartree，耗时0.16s


50次采样，能量分配0.0005Hartree，耗时0.25s


50次采样，能量分配0.0005Hartree，耗时0.53s


50次采样，能量分配0.0005Hartree，耗时0.61s


50次采样，能量分配0.0005Hartree，耗时0.70s



这个方法当然也可以用在过渡态上，但我手头上的过渡态文件都是需要保密的，遂不予展示。

zhouoh

感觉更好的方法是参考quasiclassical MD使用的nomral mode sampling。产生的enesemble质量会更好，也不受体系柔性的限制。

Hugo_314cat

zhouoh 发表于 2025-2-14 07:32
感觉更好的方法是参考quasiclassical MD使用的nomral mode sampling。产生的enesemble质量会更好，也不受体 ...

善哉！我去了解一下