计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 393|回复 Reply: 1
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[Multiwfn使用咨询] 请教老师零价铑金属配合物的CDA分析遇到的问题

[复制链接 Copy URL]

1

帖子

0

威望

13

eV
积分
14

Level 1 能力者

跳转到指定楼层 Go to specific reply
楼主
老师,您好!问题1:我想做一个零价铑金属配合物的CDA分析(一个铑金属配了两个双膦配体,双膦配体是一样的),那么划分选取片段的时候定义三个片段,两个双膦配体分别为片段1和片段2(闭壳层),一个零价铑为片段3(开壳层),或者一个双膦配体加上一个铑原子为片段1(开壳层),另外一个双膦配体作为片段2(闭壳层),想问下老师我哪种片段选取比较合适呀(铑上的两个双膦配体是一模一样的)?
问题2:我先是尝试第一种划分,即3个片段,但是在进行分析时遇到如下情况,请问老师怎么解决呀?
Loading basic information of this fragment...Please waitAlpha electrons:Beta electrons:113Multiplicity:1113The number of basis functions in this fragment:56858The number of atoms in this fragment:
Maximum deviation of atomic coordinate between fragment and complex:
2.713 Angstrom
Warning: The coordinate of the fragments deviates from the complex distinctly! The result may be fully meaningless. please check input files of your quantum chemistry code to make the coordinate of the fragments fully consistent with the complex. If you are a Gaussian user, please do not forget to add "nosym" to avoid automatically translating and rotatingthe system to standard orientationPress ENTER button to continue

我在进行片段计算也都写上nosymm关键词,如下:
%nprocshared=8
%mem=14000MB
%chk=CDA-part1.chk
# def2svp pbe1pbe nosymm


CDA-part1)
不知道是什么原因,望老师解答,谢谢!

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120064

管理员

公社社长

2#
发表于 Post on 2025-2-19 10:33:38 | 只看该作者 Only view this author
1 取决于自己的研究目的,需要考察谁和谁的相互作用

2 下文说得没法更清楚
使用Multiwfn做电荷分解分析(CDA)、绘制轨道相互作用图
http://sobereva.com/166
输入文件里片段的坐标必须和复合物坐标一致,因此片段的坐标只需要从已优化的复合物的坐标中直接提取出来就行了,不要单独对片段进行优化。对于Gaussian用户,为了避免Gaussian自动将坐标调整到标准朝向而使得坐标无法相互对应,应当恰当使用nosymm关键词,见《谈谈Gaussian中的对称性与nosymm关键词的使用》(http://sobereva.com/297)。如果为了保险,就在所有计算时都写上nosymm关键词
又不是光写个nosymm就完事了。每个字都看清楚。倘若gjf里的片段的坐标就和复合物不对应当然做不了CDA,无论写不写nosymm
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2025-8-12 23:40 , Processed in 0.184581 second(s), 26 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list