Molclus产生构型数量越多，最终结构越稳定吗

陈AG

各位老师好，我在计算激基复合物（总原子数175）的过程中，
第一步：通过genmer分别生成了100，1000，10000个初始结构
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examples/AG-GH-085-optS0.xyz
1
examples/AG-GH-086-optS0.xyz
第二步：分别通过molclus使用xtb（xtb_arg= "--gfn 1 --chrg 0 --uhf 0" ）预优化了一遍，
第三步：分别选出10个能量低的通过Gaussian进行基态优化（opt B3LYP/6-31G(d) em=GD3BJ），
第四步：分别选出能量最低的进行激发态优化（opt td=triplets b3lyp/6-31g(d) em=gd3bj，opt td=singlets b3lyp/6-31g(d) em=gd3bj）。
然后得到了各自的激发态能量,如下
100个初始结构:S1=2.7830,T1=2.7630
1000个初始结构:S1=2.6747,T1=2.6502
10000个初始结构:S1=2.7069,T1=2.6765。
请问各位老师，这个能量为啥没有降低的趋势呢；然后在genmer的设置中，对于激基复合物，在单体数量前加入某些设定会产生更多差异性比较大的构型吗（比如单体1固定坐标且不旋转，单体2无设置）。

ziyonchen2

请问有考虑S0能量得到S1的总能量吗。也许S1激发能只是些许增加，但S0却显著降低了

cokie

激基复合物的形成，一般是分两种情况：
1. 在聚集体/晶体中。这种情况下，可以直接使用单晶结构做激发态QMMM，来考量激基复合物的构象；
2. 在浓溶液中。这种情况下，处于基态的分子是游离的，只有被激发后，处于激发态的分子才会和附近的基态分子结合形成激基复合物。所以此时你做构象搜索不应该搜基态二聚体，而应该直接搜激发态二聚体，建议跑AIMD。

如二楼所说，你借助molclus搜到的，只是基态能量最小的10个构象，所以只可以去考察“处于基态的二聚体分子，是否随着Molclus产生构型数量越多，最终结构越稳定”。

陈AG

ziyonchen2 发表于 2025-3-3 10:34
请问有考虑S0能量得到S1的总能量吗。也许S1激发能只是些许增加，但S0却显著降低了

老师，我不是很懂您的意思。最低S0能量分别为，100构象：-4777.12985940 a.u.，1000构象：-4777.13504470 a.u.，10000构象：-4777.13269500a.u.

陈AG

cokie 发表于 2025-3-3 10:42
激基复合物的形成，一般是分两种情况：
1. 在聚集体/晶体中。这种情况下，可以直接使用单晶结构做激发态QM ...

excimer和exciplex：如何利用团簇构象搜索找到最稳定构象？
http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 9&fromuid=35653
求助激基复合物/激基缔合物优化及激发态计算
http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 8&fromuid=35653
使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索
http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 7&fromuid=35653



老师，我看了一下sob老师的博文和回答，如果还是用molclus的话，是不是不用我提问所说的第三步，然后直接对能量低的十个构象做激发态优化也可以的呢？

ziyonchen2

陈AG 发表于 2025-3-3 14:26
老师，我不是很懂您的意思。最低S0能量分别为，100构象：-4777.12985940 a.u.，1000构象：-4777.13504470 ...

假设你这里的S0能量的结构算出的S1和上面对应，那么S1的总能量分别是（当然不一定完全对应）：
100 conformer: -4777.12985940+2.7830/27.2114 = -4777.02758609 au
1000 conformer: -4777.13504470+2.6747/27.2114 = -4777.03675134 au
10000 conformer: -4777.13269500+2.7069/27.2114 = -4777.03321831 au
大致可以看出S1态的总能量在降低和收敛

陈AG

ziyonchen2 发表于 2025-3-3 14:52
假设你这里的S0能量的结构算出的S1和上面对应，那么S1的总能量分别是（当然不一定完全对应）：
100 conf ...

跟您说的一样，大致趋势是在降低的S1:-4777.1139817，-4777.1210808,-4777.118385
那是不是那三组的激发态能量也没有可比性的，因为基于不同的S0结构计算得到的

ziyonchen2

陈AG 发表于 2025-3-3 14:57
跟您说的一样，大致趋势是在降低的S1:-4777.1139817，-4777.1210808,-4777.118385
那是不是那三组的激发 ...

是的

cokie

陈AG 发表于 2025-3-3 14:28
excimer和exciplex：如何利用团簇构象搜索找到最稳定构象？
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=view ...

首先，你需要清晰描述你的激基复合物是在什么环境下得到的，不同环境的激基复合物所用的构象筛选方法是不同的，如我3L所说：

1. 你的激基复合物是在聚集体中受激形成的（因为你需要构象搜索，我默认你没有晶体结构或者不是在晶体中生成的）。此时你可以选用你当前的思路和方法，因为此时你的材料是先形成聚集体再受激，且在团簇中，即使受激，整体构象变化空间也很小，因此首先搜索基态二聚体构象再进行TD优化是合理的。
2. 你的激基复合物是在浓溶液中观察到的。此时激基复合物的形成是单体先受激，再和周围的基态分子进行结合，在这种条件下，激基复合物的稳定构象和其基态二聚体的稳定构象并无很直接的关联（除非有明显很强的相互作用，比如氢键、卤键、静电力等），所以应该直接搜激基复合物的构象而不是搜基态二聚体的构象。

若你符合情况2，并且一定要用你所选的方法，那么建议你去掉第三步（优化基态二聚体），第二步结束直接做第四步，并且挑选的构象在你可接受的耗时/耗费范围内尽可能多（至少50个左右吧）

陈AG

cokie 发表于 2025-3-3 15:01
首先，你需要清晰描述你的激基复合物是在什么环境下得到的，不同环境的激基复合物所用的构象筛选方法是不 ...

非常感谢老师，我明白了