计算QM/MM MD时，用gromacs可以与哪些程序结合呢？

15whyhq · 发表于 Post on 2017-3-5 19:48:09

sobereva 发表于 2017-3-4 11:52
传那些毫无意义，白费论坛空间。翻译版手册更不要看
看点正经的介绍了QMMM算法实现的文章或书籍，诸如
...

恩，谢谢，老师！

jiangning198511 · 发表于 Post on 2017-3-5 21:51:42

15whyhq 发表于 2017-3-5 19:45
在这篇gromacs与cpmd连用计算QM/MM MD的文章中谁可以帮忙解释下计算部分的两部分，1，Classical MD计算的目 ...

1.经典MD的作用是得到一个合理的初始构型吧
2.区别应该来自于力场，经典的力场是已经拟合好的，QMMMMD是通过QMMM计算得到的。如果全面用DFT计算得到就是AIMD了
3.QM部分应该支持常规的DFT方法，具体要看程序。
我不做这方面的研究，以上仅是一个参考，希望有用

卡开发发 · 发表于 Post on 2017-3-6 00:18:15

15whyhq 发表于 2017-3-5 19:45
在这篇gromacs与cpmd连用计算QM/MM MD的文章中谁可以帮忙解释下计算部分的两部分，1，Classical MD计算的目 ...

1、分子动力学的问题我不是特别了解，我猜测大概是为了让初始结构迅速接近平衡，你可以关注一下文献初始结构的获得，如果一开始直接用QM/MM效率肯定是不高的。
3、文献里面的B3LYP用Gaussian做的只是为了拟合电荷等，实际动力学过程用的是BLYP.cpmd这类平面波方法那么多原子跑动力学还要杂化泛函有点贪心了吧，平面波基组没有6-31g(d,p)的概念。

15whyhq · 发表于 Post on 2017-3-6 09:34:34

恩，谢谢大家的解释。我要用gromacs与cpmd连用算QM/MM MD是不是可以先用gromacs跑Classical MD获得初始构型，然后用这个构型在cpmd程序中跑QM/MM MD?

sobereva · 发表于 Post on 2017-3-6 09:45:40

15whyhq 发表于 2017-3-6 09:34
恩，谢谢大家的解释。我要用gromacs与cpmd连用算QM/MM MD是不是可以先用gromacs跑Classical MD获得初始构型 ...

CPMD程序本身跑不了QM/MM，只有gmx和CPMD挂在一起才能跑QM/MM

15whyhq · 发表于 Post on 2017-3-6 10:07:12

sobereva 发表于 2017-3-6 09:45
CPMD程序本身跑不了QM/MM，只有gmx和CPMD挂在一起才能跑QM/MM

哦，谢谢老师，那gmx和CPMD是怎么挂在一起的？两个软件都有

谢谢！

15whyhq · 发表于 Post on 2017-3-6 21:12:23

本帖最后由 15whyhq 于 2017-3-6 21:22 编辑

CPMD说明书里面的API是指什么？
interface code 接口代码什么意思？是用来干什么的呢？
http://comppsi.csuohio.edu/groups/qmmm.html
这个链接打不开是什么情况？谁有相关知识可以发给我看看吗？
谢谢！

15whyhq · 发表于 Post on 2017-3-6 21:26:24

本帖最后由 15whyhq 于 2017-3-6 21:27 编辑

CPMD说明书里面的grompp是指什么意思？
rgmx script哪里有呢？

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[GROMACS] 计算QM/MM MD时，用gromacs可以与哪些程序结合呢？