基于量子化学方式产生的电子密度计算范德华表面积可以可视化吗？

tiancj · 发表于 Post on 2025-3-20 21:55:48

本帖最后由 tiancj 于 2025-3-20 21:59 编辑

使用Multiwfn和VMD计算分子表面积和片段表面积 - 思想家公社的门口：量子化学·分子模拟·二次元

在社长的这个博文里面，2.1部分：基于量子化学产生的电子密度计算范德华表面积，最后是”然后选0开始分析。Multiwfn转眼就分析完了。其它输出不用管，就看下面这一行输出Overall surface area: 648.82739 Bohr^2 ( 181.69020 Angstrom^2)即整个多巴胺用0.002 a.u.电子密度等值面定义的范德华表面的面积为181.7 Angstrom^2。” 这里只有一个数值，可以输出一个文件，对表面积进行可视化吗？

sobereva · 发表于 Post on 2025-3-21 07:28:48

表面积是一个数值，没有所谓的可视化，表面才能可视化
Multiwfn后处理菜单里选 -3 Visualize the surface

tiancj · 发表于 Post on 2025-3-21 10:06:15

收到，谢谢，基于量子化学产生的电子密度计算范德华表面积的时候，可以用VMD对表面进行可视化吗？

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