求助：cp2k计算Pd晶面对苯分子的吸附能

风起时想你 · 发表于 Post on 2025-3-31 20:33:29

通过GaussView构建了四层Pd slab 吸附一个苯分子，通过Multiwfn构建了输入文件，cp2k优化此结构成功收敛，计划计算此结构的吸附能，想咨询大家几个问题：
1.Pd-benzene采用更大基组计算单点能时，周期性XY、smearing、底层的两层Pd冻结这三个方面需要设置吗？（优化中设置了XY周期性，开启了smearing，将底层的两层Pd进行了冻结）
2.单独的苯分子和单独的Pd slab也要先优化，再进行单点能计算吗？

Stardust0831 · 发表于 Post on 2025-3-31 22:15:05

算单点时没有冻结的事。
如果算binding energy，需要对单独的苯分子和单独的Pd slab也要先优化，再进行单点能计算。如果算interaction energy和电荷密度差，则无需结构优化，直接基于聚合物的单点文件，删去苯分子和单独的Pd slab的坐标，然后直接算单点（此时box大小也需要保持不变）。
smearing要开就全程开。smearing会影响能量，有没有smearing是两个级别。

风起时想你 · 发表于 Post on 2025-4-1 09:29:26

Stardust0831 发表于 2025-3-31 22:15
算单点时没有冻结的事。
如果算binding energy，需要对单独的苯分子和单独的Pd slab也要先优化，再进行单 ...

Pd slab的周期性（XY）是不是计算单点能时也要设置啊？

Stardust0831 · 发表于 Post on 2025-4-1 09:47:10

风起时想你发表于 2025-4-1 09:29
Pd slab的周期性（XY）是不是计算单点能时也要设置啊？

要设置。且三次单点的box大小需要一致。

风起时想你 · 发表于 Post on 2025-4-2 11:22:29

Stardust0831 发表于 2025-4-1 09:47
要设置。且三次单点的box大小需要一致。

感谢您的解答

渡边京介 · 发表于 Post on 2025-4-14 10:25:54

朋友，你的基组怎么设置的呀，可以分享一下输入文件吗

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