计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 402|回复 Reply: 9
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[波函数分析求助] 请教一下静电势计算的相关问题

[复制链接 Copy URL]

52

帖子

0

威望

271

eV
积分
323

Level 3 能力者

想请教一下老师,我运行讲义中的三个脚本,来实现multiwfn+VMD绘图。我计算的是一个150个原子的有机分子笼的表面静电势图,用的是笔记本12核并行。

我看到社长在论坛里提到要关注静电势计算用的是什么波函数级别。我之前用的是B3LYP-D3/6-311+G(2d,p)算单点的fchk文件。我运行ESPiso.bat这个脚本的时候,只需要三分钟左右就可以算完。但是当我运行ESOpt.bat和ESPext.bat这两个脚本的时候,却发现的我的电脑根本算不动了,一直在如图1所示的界面这里,进度变得非常慢,两分钟才算的动1%的进度。
我后来换成了B3LYP-D3/6-31G**从新算了一遍单点,然后将得到的fchk文件用于计算表面静电势,发现还是和上面的情况一样,ESPiso.bat这个脚本可以算的动,ESOpt.bat和ESPext.bat这两个脚本算不动。也是卡在如图1的界面这里。
我当时试了一下加大并行核数,我的笔记本有24个物理核心,可是multiwfn却提示在windows系统无法并行超过12核,如果12核算不动要换成linux系统。
我想请教老师四个小问题
(1)我因为想要得到分子表面静电势极值点,然而目前ESPext.bat这个脚本根本算不动,请问是不是并没有出错误,只是我的配置不行,只有换服务器计算才行?
(2)我在计算时,图1中被我高亮的部分出现了警告,说违反 了V+F-E-2=0?可能是网格间距太大或等值面未闭合。请问这也是因为配置不够导致的吗?
(3)我看您的博文中对于 实空间函数的波函数分析只对基组做了要求,没有对量化的任务类型做要求,请问是不是单点和几何优化的fchk文件只要基组满足了都可以拿来进行波函数分析?
(4)如图2所示,我算高氯酸根的静电势表面都是蓝色,我看您博文中提到“对于离子体系,VMD作图脚本里默认的色彩刻度范围是非改不可的”,但是高氯酸根带正电荷的氯在内部,分子表面都是带负电荷的氧,请问这种情况也需要修改色彩刻度范围吗?


图片1.png (227.94 KB, 下载次数 Times of downloads: 19)

图片1.png

图片2.png (187.14 KB, 下载次数 Times of downloads: 21)

图片2.png

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120060

管理员

公社社长

2#
发表于 Post on 2025-4-2 20:51:32 | 只看该作者 Only view this author
那叫ESPpt.bat不叫ESOpt.bat

1 拿具体文件说事。6-31G*的压缩后传网盘。
2 不用管
3 是
4 是
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

52

帖子

0

威望

271

eV
积分
323

Level 3 能力者

3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-4-2 21:21:59 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-4-2 20:51
那叫ESPpt.bat不叫ESOpt.bat

1 拿具体文件说事。6-31G*的压缩后传网盘。

非常感谢老师的指导,请问我可以将网盘链接私发给您吗?

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120060

管理员

公社社长

4#
发表于 Post on 2025-4-2 22:24:47 | 只看该作者 Only view this author
peter123 发表于 2025-4-2 21:21
非常感谢老师的指导,请问我可以将网盘链接私发给您吗?

可以
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

52

帖子

0

威望

271

eV
积分
323

Level 3 能力者

5#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-4-3 09:50:54 | 只看该作者 Only view this author

卢老师您好,我已经将网盘链接通过短消息发给您,非常感谢您一直以来给我的帮助

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120060

管理员

公社社长

6#
发表于 Post on 2025-4-3 12:50:21 | 只看该作者 Only view this author
peter123 发表于 2025-4-3 09:50
卢老师您好,我已经将网盘链接通过短消息发给您,非常感谢您一直以来给我的帮助

我这里计算没有任何异常
i9-13980HX,Win11 64bit,Multiwfn最新版本,16核并行。启动Multiwfn并载入fch文件,依次输入12、0,不到10秒钟能算出1%。ESPext.txt和ESPpt.txt里使用了比默认0.25 Bohr更小的格点间距0.15 Bohr,所以会更慢(耗时约4-5倍),但也不会算不动。嫌慢可以把格点间距改为默认的0.25 Bohr。

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

52

帖子

0

威望

271

eV
积分
323

Level 3 能力者

7#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-4-3 14:36:11 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-4-3 12:50
我这里计算没有任何异常
i9-13980HX,Win11 64bit,Multiwfn最新版本,16核并行。启动Multiwfn并载入fch ...

好的好的,非常感谢卢老师的指导,我按照您的指导再去试试

52

帖子

0

威望

271

eV
积分
323

Level 3 能力者

8#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-4-3 17:47:56 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 peter123 于 2025-4-3 17:49 编辑
sobereva 发表于 2025-4-3 12:50
我这里计算没有任何异常
i9-13980HX,Win11 64bit,Multiwfn最新版本,16核并行。启动Multiwfn并载入fch ...

卢老师,您好。我刚才按照您的指导从新进行了计算,我的配置是i9-13900HX,Win11 64bit,Multiwfn用的是2025.2.14更新的3.8版本,16核并行。我将格点间距设置成0.25以后,使用ESPext.bat脚本,一分钟差不多可以算3%-4%这样。

我想请教一下您,对于我这种150个原子的有机笼,0.25这个格点间距绘制分子表面静电势图以及分子表面静电势极大点应该达到了拿来发文章的标准吧?(因为我看到您博文提到400个原子的分子使用0.15的格点间距来绘制分子表面静电势图都不太够)

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120060

管理员

公社社长

9#
发表于 Post on 2025-4-4 16:36:31 | 只看该作者 Only view this author
peter123 发表于 2025-4-3 17:47
卢老师,您好。我刚才按照您的指导从新进行了计算,我的配置是i9-13900HX,Win11 64bit,Multiwfn用的是2 ...

可以发文章
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

52

帖子

0

威望

271

eV
积分
323

Level 3 能力者

10#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-4-7 14:25:10 | 只看该作者 Only view this author

好的好的,非常感谢老师的指导

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2025-8-12 17:16 , Processed in 0.159537 second(s), 23 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list