关于Amber中ptraj处理轨迹

kjxwl3 · 发表于 Post on 2017-3-12 15:21:00

大家好，我在做amber的一个tutorial(http://ambermd.org/tutorials/advanced/tutorial15/Tutorial2.xhtml)的时候有一些疑惑：
在8 Imaging with ptraj这一部分，图9的左边的图是md的轨迹，右边经过ptraj处理后的。图右里面，有一些分子都已经跑出了盒子，到盒子外面去了，这有点不太符合周期性边界条件。
这个体系是由packmol来做的，有些分子还是在真空环境下，所以会导致右图的结果。不过进行了ptraj之后，新的轨迹会不会影响结果的分析，这样做又没有必要？
我自己在做一些金属离子的水合的时候，比方说做Cu2+的水合的时候，我用solvatebox solute solvate 10的命令，跑出来的结果也是盒子有点散了，而且好多水感觉都跑到外面的盒子去了，不知道也是否需要用ptraj这样做？

sobereva · 发表于 Post on 2017-3-12 15:26:15

amber默认产生的轨迹是没有用PBC的，所以直接看轨迹，溶剂跑出盒子完全正常。image使得轨迹满足PBC主要就是为了观看方便一些。image之后不会有分子完全呆在盒子外头的，可以在VMD里显示出盒子边框便于观察。

kjxwl3 · 发表于 Post on 2017-3-12 16:09:17

sobereva 发表于 2017-3-12 15:26
amber默认产生的轨迹是没有用PBC的，所以直接看轨迹，溶剂跑出盒子完全正常。image使得轨迹满足PBC主要就是 ...

谢谢sob大神。这也就是说，这个只是方便看结构。分析的话，还是要基于amber跑出来的轨迹。

sobereva · 发表于 Post on 2017-3-12 16:43:03

kjxwl3 发表于 2017-3-12 16:09
谢谢sob大神。这也就是说，这个只是方便看结构。分析的话，还是要基于amber跑出来的轨迹。

很长时间不用ptraj有点忘了，你可以对比一下，分析结果如果一样就说明分析代码自动“知道”这个轨迹已经是经过PBC处理后的了，会相应地处理；如果不符则说明不能用image之后的轨迹

therotyonth · 发表于 Post on 2017-3-14 22:02:07

跑出水盒子的情况一般是使用了周期性边界条件，而在周期性边界条件下是将跑出水盒子的分子从其对称面再次进入处理的，image主要是为了方便看图，不影响数据分析。特别是做长时间的动力学的时候连蛋白质分子都会跑出水盒子。

kjxwl3 · 发表于 Post on 2017-4-30 20:10:51

therotyonth 发表于 2017-3-14 22:02
跑出水盒子的情况一般是使用了周期性边界条件，而在周期性边界条件下是将跑出水盒子的分子从其对称面再次进 ...

我感觉采用image后看图很方便。现在我想截取盒子的某些结构做QM/MM，比如说金属离子周围的100个水，采用image之后的图好像靠谱点。AMBER直接出来的结构很散。

kjxwl3 · 发表于 Post on 2017-4-30 20:51:23

sobereva 发表于 2017-3-12 16:43
很长时间不用ptraj有点忘了，你可以对比一下，分析结果如果一样就说明分析代码自动“知道”这个轨迹已 ...

image之后，amber的轨迹的结构会出现胡乱连键，这个时候该怎么处理呢？

sobereva · 发表于 Post on 2017-4-30 21:21:14

kjxwl3 发表于 2017-4-30 20:51
image之后，amber的轨迹的结构会出现胡乱连键，这个时候该怎么处理呢？

用dynamic bonds显示方式

暴力摩托 · 发表于 Post on 2019-11-1 13:57:07

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