计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 361|回复 Reply: 8
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[新手求助] Gaussian进行NMR计算时,报错2070内存不足该如何解决

[复制链接 Copy URL]

15

帖子

0

威望

169

eV
积分
184

Level 3 能力者

跳转到指定楼层 Go to specific reply
楼主
各位老师好,最近学生尝试用Gaussian进行NMR和HOMO与LUMO能级计算时都发生了2070的报错,拜读了若干帖子后,更改内存与运行核数后进行计算后依旧未能解决问题,下附计算NMR时的文件:


Gaussian 16:  EM64W-G16RevA.03 17-Dec-2016
                11-Apr-2025
******************************************
%nprocshared=4
Will use up to    4 processors via shared memory.
%mem=1GB
%chk=C:\Users\11156\Desktop\gaosi\POSCAR.chk
----------------------
# nmr=giao b3lyp/6-31g
----------------------
1/38=1,172=1/1;
2/12=2,17=6,18=5,40=1/2;
3/5=1,6=6,11=2,25=1,30=1,74=-5/1,2,3,8;
4//1;
5/5=2,38=5/2;
8/6=1,10=90,11=11/1;
10/13=100,45=16/2;
6/7=2,8=2,9=2,10=2,28=1/1;
99/9=1/99;
-------------------
Title Card Required
-------------------
Symbolic Z-matrix:
Charge =  0 Multiplicity = 1
Na                    4.63986   0.40119   0.17198
Na                    7.59623   0.20761   2.23927
Na                    1.92941   0.23196   7.60982
Na                    11.98838   6.84158   5.5123
Na                    14.97795   0.14226   7.74262
Na                    9.62183   3.28121   10.61656
Na                    6.74658   3.57395   8.50385
Na                    12.90591   3.39542   2.82197
Na                    2.12544   3.81547   5.18191
Na                   -0.60667   3.77815   3.0113
Na                    9.85493   6.60109   10.38041
Na                    6.88211   6.69269   8.68248
Na                    12.75903   6.80612   2.59113
Na                    2.32666   0.02354   4.45295
Na                   -0.46553   0.16      3.38137
Na                    4.94837   3.35781   0.4753
Na                    7.77387   3.19442   2.0927
Na                    1.88842   3.77713   8.06038
Na                    12.17536   3.13131   5.99851
Na                    14.72688   3.16801   7.61577
Na                    7.09247   0.52887   5.68754
Na                    7.16381   3.84516   5.32016
Na                    5.07716   1.92676   3.34624
Na                   -0.91545   1.75173   9.4191
Na                    9.91213   1.90177   4.13428
Na                    12.56839   1.56468   8.91222
Na                    3.8393    1.65675   9.94411
Na                    15.0006   1.57867   4.6963
Na                    9.39675   4.88985   7.78648
Na                    15.29544   5.12291   1.09504
Na                    4.60305   5.65041   6.51676
Na                    2.09438   5.11226   2.08913
Na                    10.40231   4.91589   0.80062
Na                   -0.56663   5.26157   6.15326
Na                    0.11131   6.84219   0.15764
Na                    0.34424   3.41798   0.13374
O                     1.25373   0.48643   2.04304
O                     9.17239   1.71585   1.00901
O                     9.1508    0.20092   8.323
O                     0.53833   0.80545   5.84601
O                     16.73914   1.53226   1.29537
O                     4.71093   1.21346   5.45451
O                     13.31831   3.79015   9.30162
O                     3.24961   4.04591   10.06133
O                     5.59834   4.00544   2.56046
O                     14.11752   3.70654   4.75609
O                    -1.37377   3.77972   9.55036
O                     10.01408   4.54453   5.42851
O                     13.22957   6.25727   9.28586
O                     3.01515   6.44863   9.75309
O                     5.39705   6.41456   2.42074
O                     13.97936   6.24397   4.9336
O                    -1.92284   6.15766   9.57637
O                     9.07245   6.33361   4.02641
O                     1.3128    2.97342   2.05337
O                     11.50501   2.70274   1.22125
O                     10.49983   2.24566   8.40903
O                     0.23744   3.09567   6.47868
O                     15.23276   3.02149   2.17501
O                     5.28274   3.2712    6.63942
O                     3.0847    1.84657   0.88763
O                     7.08604   1.94615   9.95458
O                     10.20517   0.99733   6.33731
O                    -1.51202   1.49502   6.91343
O                     2.96491   1.68042   3.30731
O                     11.31045   0.36168   0.80551
O                     8.23032   2.1736    7.25356
O                    -0.94046   2.18439   4.52222
O                     14.44294   1.47097   0.38606
O                     15.04633   0.61197   2.60158
O                     5.05624   1.14696   7.81304
O                     2.9954    2.30823   6.8126
O                     11.14374   4.90126   9.38208
O                     5.0883    5.39075   9.077
O                     3.88239   5.10697   3.84136
O                     16.05452   5.21548   4.36181
O                     12.46944   4.9533    7.34511
O                     8.1101    5.62123   0.58233
O                     6.15264   5.44914   4.60642
O                     15.25971   4.97486   6.6017
O                    -0.01005   5.30858   10.85051
O                    -0.0075    5.41854   8.37755
O                     9.60446   4.20535   3.04719
O                     11.44489   5.58141   3.74462
S                     2.17546   1.72444   2.02081
S                     10.60832   1.64737   0.57285
S                     9.49901   1.43985   7.55354
S                    -0.4498    1.87276   5.95956
S                     4.50774   2.02291   6.71261
S                     15.31005   1.63721   1.57258
S                     12.53587   4.99373   8.81697
S                     3.99379   5.36285   10.11912
S                     5.32444   5.25941   3.34707
S                     14.80148   5.03483   5.15276
S                     10.02846   5.21654   4.09689
S                    -0.80702   5.15201   9.55159
F                     7.29313   1.83581   4.04681
F                     6.28038   1.628     1.30543
F                     1.20685   1.96348   9.38428
F                     14.86241   1.73705   9.46248
F                     11.99747   1.58745   4.22387
F                     13.43202   1.65162   6.95701
F                     7.22477   5.31757   7.04507
F                     8.24571   4.88196   9.53973
F                     13.2778   5.10053   1.24956
F                     17.44656   5.08301   1.4424
F                     2.60058   5.43248   6.59092
F                     0.79191   5.35344   4.00841
Tv                    18.00469   0.        0.
Tv                    0.        6.9247    0.
Tv                   -3.46428   0.        10.86409

Symmetry turned off:
Cannot cope with ghost atoms or with translation vectors.
Stoichiometry    F12Na36O48S12
Framework group  C1[X(F12Na36O48S12)]
Deg. of freedom   318
Full point group                 C1      NOp   1
                          Input orientation:                          
---------------------------------------------------------------------
Center     Atomic      Atomic             Coordinates (Angstroms)
Number     Number       Type             X           Y           Z
---------------------------------------------------------------------
      1         11           0       -2.664719   -2.995360   -5.162115
      2         11           0        0.291649   -3.188940   -3.094820
      3         11           0       -5.375175   -3.164593    2.275724
      4         11           0        4.683798    3.445026    0.178204
      5         11           0        7.673362   -3.254289    2.408526
      6         11           0        2.317250   -0.115336    5.282469
      7         11           0       -0.557999    0.177399    3.169751
      8         11           0        5.601324   -0.001134   -2.512125
      9         11           0       -5.179145    0.418918   -0.152183
     10         11           0       -7.911251    0.381601   -2.322796
     11         11           0        2.550346    3.204545    5.046317
     12         11           0       -0.422474    3.296138    3.348390
     13         11           0        5.454447    3.409572   -2.742965
     14         11           0       -4.977919   -3.373013   -0.881142
     15         11           0       -7.770116   -3.236548   -1.952722
     16         11           0       -2.356210   -0.038735   -4.858790
     17         11           0        0.469284   -0.202130   -3.241399
     18         11           0       -5.416169    0.380583    2.726290
     19         11           0        4.870775   -0.265235    0.664416
     20         11           0        7.422297   -0.228541    2.281677
     21         11           0       -0.212119   -2.867683    0.353442
     22         11           0       -0.140775    0.448612   -0.013938
     23         11           0       -2.227423   -1.469793   -1.987856
     24         11           0       -8.220034   -1.644815    4.085008
     25         11           0        2.607545   -1.494778   -1.199819
     26         11           0        5.263808   -1.831872    3.578122
     27         11           0       -3.465287   -1.739801    4.610015
     28         11           0        7.696016   -1.817884   -0.637797
     29         11           0        2.092165    1.493300    2.452385
     30         11           0        7.990853    1.726357   -4.239059
     31         11           0       -2.701538    2.253860    1.182666
     32         11           0       -5.210203    1.715707   -3.244962
     33         11           0        3.097725    1.519336   -4.533476
     34         11           0       -7.871209    1.865017    0.819164
     35         11           0       -7.193277    3.445636   -5.176456
     36         11           0       -6.960345    0.021427   -5.200357
     37          8           0       -6.050853   -2.910124   -3.291058
     38          8           0        1.867810   -1.680699   -4.325081
     39          8           0        1.846218   -3.195629    2.988908
     40          8           0       -6.766252   -2.591103    0.511917
     41          8           0        9.434558   -1.864294   -4.038725
     42          8           0       -2.593653   -2.183093    0.120418
     43          8           0        6.013729    0.393602    3.967523
     44          8           0       -4.054979    0.649359    4.727238
     45          8           0       -1.706248    0.608891   -2.773634
     46          8           0        6.812940    0.309986   -0.578001
     47          8           0       -8.678355    0.383166    4.216268
     48          8           0        2.709492    1.147979    0.094421
     49          8           0        5.924984    2.860720    3.951770
     50          8           0       -4.289431    3.052084    4.418992
     51          8           0       -1.907530    3.018015   -2.913357
     52          8           0        6.674776    2.847425   -0.400493
     53          8           0       -9.227420    2.761108    4.242276
     54          8           0        1.767868    2.937058   -1.307688
     55          8           0       -5.991779   -0.423125   -3.280727
     56          8           0        4.200427   -0.693812   -4.112840
     57          8           0        3.195243   -1.150890    3.074941
     58          8           0       -7.067146   -0.300883    1.144587
     59          8           0        7.928178   -0.375061   -3.159081
     60          8           0       -2.021849   -0.125349    1.305321
     61          8           0       -4.219885   -1.549981   -4.446465
     62          8           0       -0.218547   -1.450404    4.620488
     63          8           0        2.900589   -2.399220    1.003213
     64          8           0       -8.816601   -1.901528    1.579335
     65          8           0       -4.339671   -1.716133   -2.026782
     66          8           0        4.005870   -3.034873   -4.528587
     67          8           0        0.925736   -1.222949    1.919468
     68          8           0       -8.245047   -1.212160   -0.811873
     69          8           0        7.138358   -1.925577   -4.948039
     70          8           0        7.741743   -2.784579   -2.732514
     71          8           0       -2.248341   -2.249591    2.478947
     72          8           0       -4.309186   -1.088316    1.478506
     73          8           0        3.839159    1.504711    4.047983
     74          8           0       -2.216284    1.994205    3.742908
     75          8           0       -3.422194    1.710424   -1.492736
     76          8           0        8.749937    1.818927   -0.972281
     77          8           0        5.164860    1.556751    2.011020
     78          8           0        0.805513    2.224679   -4.751768
     79          8           0       -1.151941    2.052594   -0.727676
     80          8           0        7.955126    1.578307    1.267601
     81          8           0       -7.314634    1.912029    5.516417
     82          8           0       -7.312084    2.021987    3.043456
     83          8           0        2.299879    0.808800   -2.286901
     84          8           0        4.140301    2.184862   -1.589470
     85         16           0       -5.129127   -1.672105   -3.313286
     86         16           0        3.303732   -1.749184   -4.761241
     87         16           0        2.194422   -1.956704    2.219448
     88         16           0       -7.754386   -1.523785    0.625468
     89         16           0       -2.796847   -1.373637    1.378513
     90         16           0        8.005463   -1.759343   -3.761517
     91         16           0        5.231289    1.597184    3.482876
     92         16           0       -3.310799    1.966298    4.785024
     93         16           0       -1.980143    1.862864   -1.987020
     94         16           0        7.496897    1.638282   -0.181332
     95         16           0        2.723875    1.819993   -1.237202
     96         16           0       -8.111599    1.755462    4.217495
     97          9           0       -0.011451   -1.560742   -1.287285
     98          9           0       -1.024206   -1.768546   -4.028665
     99          9           0       -6.097737   -1.433065    4.050188
    100          9           0        7.557829   -1.659503    4.128388
    101          9           0        4.692887   -1.809097   -1.110222
    102          9           0        6.127438   -1.744926    1.622911
    103          9           0       -0.079816    1.921024    1.710976
    104          9           0        0.941124    1.485412    4.205632
    105          9           0        5.973218    1.703977   -4.084539
    106          9           0       10.141979    1.686464   -3.891690
    107          9           0       -4.704009    2.035933    1.256824
    108          9           0       -6.512675    1.956894   -1.325679
    109         -2           0       18.004688    0.000000    0.000000
    110         -2           0        0.000000    6.924700    0.000000
    111         -2           0       -3.464277    0.000000   10.864091
---------------------------------------------------------------------
Lengths of translation vectors:     18.004688    6.924700   11.403056
  Angles of translation vectors:     90.000000  107.686134   90.000000
---------------------------------------------------------------------
Standard basis: 6-31G (6D, 7F)
  1164 basis functions,  3528 primitive gaussians,  1164 cartesian basis functions
   540 alpha electrons      540 beta electrons
       nuclear repulsion energy     46799.1776258345 Hartrees.



Warning!  S  atom   85 may be hypervalent but has no d functions.
Warning!  S  atom   86 may be hypervalent but has no d functions.
Warning!  S  atom   87 may be hypervalent but has no d functions.
Warning!  S  atom   88 may be hypervalent but has no d functions.
Warning!  S  atom   89 may be hypervalent but has no d functions.
Warning!  S  atom   90 may be hypervalent but has no d functions.
Warning!  S  atom   91 may be hypervalent but has no d functions.
Warning!  S  atom   92 may be hypervalent but has no d functions.
Warning!  S  atom   93 may be hypervalent but has no d functions.
Warning!  S  atom   94 may be hypervalent but has no d functions.
Warning!  S  atom   95 may be hypervalent but has no d functions.
Warning!  S  atom   96 may be hypervalent but has no d functions.



NAtoms=  108 NActive=  108 NUniq=  108 SFac= 1.00D+00 NAtFMM=   60 NAOKFM=T Big=T
Integral buffers will be    131072 words long.
Raffenetti 2 integral format.
Two-electron integral symmetry is turned off.
FOutLm=  100.00.
Periodicity:                           1               1               1
Max integer dimensions:                4               8               5
   PBC vector 1 X=    34.0239 Y=    0.0000 Z=    0.0000
   PBC vector 2 X=     0.0000 Y=   13.0858 Z=    0.0000
   PBC vector 3 X=    -6.5465 Y=    0.0000 Z=   20.5302
  Recp vector 1 X=     0.0294 Y=    0.0000 Z=    0.0094
  Recp vector 2 X=     0.0000 Y=    0.0764 Z=    0.0000
  Recp vector 3 X=     0.0000 Y=    0.0000 Z=    0.0487
Generated k point mesh (from -Pi to Pi):
K space mesh: X=       8 Y=      22 Z=      14
A half-cell shift: 0
Using k point mesh (from -Pi to Pi):
K space mesh: X=       8 Y=      22 Z=      14
A half-cell shift: 0
CountK=T Total number of k points:       0
CountK=T Total number of k points:    1236
Out-of-memory error in routine STVDrv-2 (IEnd=    1490318318 MxCore=     134217728)
Use %mem=1422MW to provide the minimum amount of memory required to complete this step.
Error termination via Lnk1e in C:\G16W\l302.exe at Fri Apr 11 10:52:33 2025.
Job cpu time:       0 days  0 hours  0 minutes  3.0 seconds.
Elapsed time:       0 days  0 hours  0 minutes  2.8 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=      6 Int=      0 D2E=      0 Chk=      1 Scr=      1



1万

帖子

0

威望

8998

eV
积分
20752

Level 6 (一方通行)

2#
发表于 Post on 2025-4-11 11:25:48 | 只看该作者 Only view this author
一共尝试了内存和运行核数的哪些组合?
报错信息写了Use %mem=1422MW to provide the minimum amount of memory required to complete this step(注意是MW不是MB),你设的内存到这个数了吗?
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?hl=zh-CN&user=XW6C6eQAAAAJ&view_op=list_works&sortby=pubdate
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1034/1702.htm
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

893

帖子

3

威望

1684

eV
积分
2637

Level 5 (御坂)

傻傻的木瓜

3#
发表于 Post on 2025-4-11 11:27:08 | 只看该作者 Only view this author
从原子坐标和最后三行Tv矢量来看,这体系是个Na2SO4-NaF的固相共晶。此时Gaussian并不适合使用,应更换为CP2K、QE、ABACUS等擅长做第一性原理周期性计算的程序。
√546=23.36664289109

15

帖子

0

威望

169

eV
积分
184

Level 3 能力者

4#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-4-11 11:33:11 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2025-4-11 11:25
一共尝试了内存和运行核数的哪些组合?
报错信息写了Use %mem=1422MW to provide the minimum amount of m ...

老师您好,在自己电脑上算的时候基本上运行核数都是4或8,尝试的内存一般按照报错的建议内存,使用过1422MW,使用后依旧存在内存不足,out文件中建议尝试1707MW,按照这个步骤一直尝试后,依然无法算出结果。

15

帖子

0

威望

169

eV
积分
184

Level 3 能力者

5#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-4-11 11:36:17 | 只看该作者 Only view this author
Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2025-4-11 11:27
从原子坐标和最后三行Tv矢量来看,这体系是个Na2SO4-NaF的固相共晶。此时Gaussian并不适合使用,应更换为CP ...

感谢指教,我还有一个问题,Gaussian由于固相共晶不适用导致的报错会是内存不足吗

893

帖子

3

威望

1684

eV
积分
2637

Level 5 (御坂)

傻傻的木瓜

6#
发表于 Post on 2025-4-11 11:55:21 | 只看该作者 Only view this author
Yiolet 发表于 2025-4-11 11:36
感谢指教,我还有一个问题,Gaussian由于固相共晶不适用导致的报错会是内存不足吗

有可能,但因其周期性体系计算本来就不咋地(有别于孤立体系的表现),所以关心它如何报错没啥意义,该换专业软件就去换,一般CP2K是比较推荐的。计算机方面,最好也换上内存和核心数充足的服务器跑实际任务,自己的普通电脑仅适合尝试小型体系作为入门练习。
√546=23.36664289109

15

帖子

0

威望

169

eV
积分
184

Level 3 能力者

7#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-4-11 12:18:46 | 只看该作者 Only view this author
Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2025-4-11 11:55
有可能,但因其周期性体系计算本来就不咋地(有别于孤立体系的表现),所以关心它如何报错没啥意义,该换 ...

明白了,谢谢指导

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120137

管理员

公社社长

8#
发表于 Post on 2025-4-11 14:12:51 | 只看该作者 Only view this author
Gaussian根本就不支持对周期性体系计算NMR,你换超级计算机也一样没法算。而且别提NMR了,以Gaussian非常孱弱的算三维周期性体系的能力,这个体系算个单点都大概率不成功。

CP2K很适合计算周期性体系的NMR,北京科音CP2K第一性原理计算培训班(http://www.keinsci.com/KFP)里的“NMR的计算” 部分专门讲了怎么算
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

15

帖子

0

威望

169

eV
积分
184

Level 3 能力者

9#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-4-11 16:09:48 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-4-11 14:12
Gaussian根本就不支持对周期性体系计算NMR,你换超级计算机也一样没法算。而且别提NMR了,以Gaussian非常孱 ...

了解了,谢谢老师。

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2025-8-15 13:14 , Processed in 0.174324 second(s), 20 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list