计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 517|回复 Reply: 7
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[建模与可视化] 求助:cp2k得到的xyz文件,如何导出带有pbc的晶胞

[复制链接 Copy URL]

12

帖子

0

威望

405

eV
积分
417

Level 3 能力者

跳转到指定楼层 Go to specific reply
楼主
本帖最后由 jianying8996 于 2025-4-11 14:28 编辑

如题所问。具体的,我用cp2k得到了晶胞CELL优化后的xyz坐标,能在Vesta和MS中显示各个原子结构,但是没有周期性边框。
为了加上周期性边框,我先导入VMD中,能加上pbc后导出PDB结构,按照网上说的导入MS后还是不显示周期性边框!!!
求教各位老师,如何能将一个XYZ结构的晶胞在Vesta或者MS中图像显示周期性边框???

84

帖子

1

威望

1674

eV
积分
1778

Level 5 (御坂)

吃猫咪的鱼

2#
发表于 Post on 2025-4-11 12:13:49 | 只看该作者 Only view this author
把你的cp2k输入文件导入Multiwfn,主功能100里选择2,然后就可以转换成带周期性信息的xyz文件或者cif文件,再用优化好的坐标替换一下就行了。或者直接导入计算完成后的restart文件,转换出来的直接就是优化后的。

12

帖子

0

威望

405

eV
积分
417

Level 3 能力者

3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-4-11 12:38:27 | 只看该作者 Only view this author
imasen 发表于 2025-4-11 12:13
把你的cp2k输入文件导入Multiwfn,主功能100里选择2,然后就可以转换成带周期性信息的xyz文件或者cif文件, ...

好的,多谢多谢,我试一下Multiwfn

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120101

管理员

公社社长

4#
发表于 Post on 2025-4-11 13:53:26 | 只看该作者 Only view this author
完全莫名其妙。VASP又不是可视化程序
认真看此文
使用CP2K过程中常用的可视化工具
http://sobereva.com/739http://bbs.keinsci.com/thread-52567-1-1.html

CP2K用户没有丝毫必要用极其昂贵的M$做可视化,“好看” 程度比VESTA、VMD差远了
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

12

帖子

0

威望

405

eV
积分
417

Level 3 能力者

5#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-4-11 14:29:28 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-4-11 13:53
完全莫名其妙。VASP又不是可视化程序
认真看此文
使用CP2K过程中常用的可视化工具

写错了,是VESTA,感谢回复!

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120101

管理员

公社社长

6#
发表于 Post on 2025-4-11 14:31:55 | 只看该作者 Only view this author
jianying8996 发表于 2025-4-11 14:29
写错了,是VESTA,感谢回复!

如前面我的博文所述,Multiwfn载入restart文件,转成cif或POSCAR,载入VESTA直接就能显示晶胞。标准的xyz文件格式不含晶胞信息(虽说Multiwfn支持xyz文件里的注释部分记录晶胞信息,但其它程序不支持这种形式)。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

39

帖子

0

威望

342

eV
积分
381

Level 3 能力者

7#
发表于 Post on 2025-7-3 21:11:24 | 只看该作者 Only view this author
导入的结构没有边框是因为,导入的结构对于Ms来说是非周期性的。如果要显示边框,需要在MS新建一个文件,然后使用build下拉菜单,Crystals选项--->Build Crystal选项,然后输入cp2k的cell部分的三个长度,然后再按照优化后的xyz坐标,把原子的坐标一个一个添加进去,当然把结构一次性拷贝进去也行
I am freeman.....

12

帖子

0

威望

405

eV
积分
417

Level 3 能力者

8#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-7-4 15:22:45 | 只看该作者 Only view this author
yoghurt117 发表于 2025-7-3 21:11
导入的结构没有边框是因为,导入的结构对于Ms来说是非周期性的。如果要显示边框,需要在MS新建一个文件,然 ...

感谢!

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2025-8-13 22:03 , Processed in 0.208009 second(s), 20 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list