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[CP2K] 用VESTA观看cp2k计算的振动模式的脚本

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sob老师的MfakeG(http://sobereva.com/656)可以将cp2k的振动模式转化为GaussView可看的模式,但对于比较大的周期性体系,虽然可以用GaussView观看振动模式,但作图效果可能不够理想。

https://github.com/Stanford-MCTG/VASP-plot-modes提供了一个将VASP的振动模式转化为.vesta格式的脚本,我把这个脚本和@北大-陶豫 师兄的从cp2k拉曼计算的.out和.mol文件中读取振动信息的脚本结合起来,用于将cp2k的振动模式转化为.vesta文件,从而实现比较好的作图效果。


输入文件为:cp2k振动分析产生.out和.mol文件,以及vesta模板文件template.vesta(将结构用VESTA打开,保存为.vesta文件即可,注意原子顺序需要和cp2k计算的结构的原子顺序一致)
输出文件为:mode_第几个模式_频率.vseta文件,将该文件用VESTA打开,振动方向用箭头显示,箭头的长短表示振幅,不过不能动
脚本中保留了读取红外、拉曼活性的部分,这样方便通过对mask_mode函数进行修改,从而选择特定模式进行观看

效果如下, 这里只用了CsPbI3的原胞作为示意,实际计算需要建立超胞。



Cp2kRaman-vesta.py

8.01 KB, 下载次数 Times of downloads: 18

将cp2k振动转化为.vesta文件的脚本

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发表于 Post on 2025-4-24 20:14:31 | 只看该作者 Only view this author
很棒的脚本!感觉这个脚本值一个威望
现代化学以狄拉克的一句“一切化学问题业已解决”为嚆矢。滥觞于经验主义传统的期望正失去它们的借鉴意义。但面对看似不可达的通往天堂之阶梯,我想循伍德沃德“最好的模型是你底物的对映异构体”的信仰好过过早地振翮。
我们怀揣热忱的灵魂天然被赋予对第一性的追求,不屑于单一坐标的约束,钟情于势能面彼端的芬芳。但

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发表于 Post on 2025-4-30 12:39:04 | 只看该作者 Only view this author
想问一下这个脚本只能在LInux系统上用吗?我用vccode运行这个脚本,显示'"ls *.mol"' 不是内部或外部命令,也不是可运行的程序或批处理文件“,Windows上是用不了嘛?

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