MD过程中有机物完全跑开了

kjxwl3 · 发表于 Post on 2017-3-14 22:03:43

各位大神：
   遇到了一个棘手的问题，我在用AMBER做冠醚在水溶液中的MD时，发现这个冠醚结构完全跑散了，C-O键都断开成片段了。不知道是怎么回事。
   我采用的方法是，冠醚采用GAFF力场，电荷采用gaussian计算的resp的电荷，计算模型是B3LYP/aug-cc-pVTZ。水是采用TIP3P的水盒子。
   我尝试用了约束，好像结构还是散的很厉害。不知道有没有谁遇到过类似的问题？

sobereva · 发表于 Post on 2017-3-14 22:19:37

成键参数估计没施加上。就算力场弄得很烂，力常数和平衡距离都不准确，但只要有，也不至于键散开。
仔细检查leap、antechamber的使用流程，注意留意各种提示

另外，Gaussian本身没法计算RESP电荷，需要借助Multiwfn
RESP拟合静电势电荷的原理以及在Multiwfn中的计算
http://sobereva.com/441

kjxwl3 · 发表于 Post on 2017-3-14 22:37:42

sobereva 发表于 2017-3-14 22:19
成键参数估计没施加上。就算力场弄得很烂，力常数和平衡距离都不准确，但只要有，也不至于键散开。
仔细检 ...

我不知道是不是vmd的问题，我用amber16来做的，但是轨迹中每一帧的结构都是用vmd看的。由于vmd没法看amber16直接生成的轨迹，我用cpptraj转了一下：
trajin nvt.mdcrd
image center
trajout nvt_new.mdcrd
然后再用vmd看轨迹，不知道这样有没有问题。我看每一帧的结构，冠醚都是跑散了。还有没其它的可视化的看结构的方式。linux的vmd我没有看到相关的例子。

sobereva · 发表于 Post on 2017-3-14 22:46:30

kjxwl3 发表于 2017-3-14 22:37
我不知道是不是vmd的问题，我用amber16来做的，但是轨迹中每一帧的结构都是用vmd看的。由于vmd没法看ambe ...

你用ptraj产生vmd里看起来跑散的原子之间的距离随时间变化，弄清楚是可视化的事还是本来就是散了

kjxwl3 · 发表于 Post on 2017-3-14 23:30:35

sobereva 发表于 2017-3-14 22:46
你用ptraj产生vmd里看起来跑散的原子之间的距离随时间变化，弄清楚是可视化的事还是本来就是散了

我是采用vmd看每一帧的结构，看到我的有机物就是散的。从结构上看，完全是散的。

sobereva · 发表于 Post on 2017-3-14 23:52:04

kjxwl3 发表于 2017-3-14 23:30
我是采用vmd看每一帧的结构，看到我的有机物就是散的。从结构上看，完全是散的。

明显是leap指认成键参数的问题

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[Amber] MD过程中有机物完全跑开了