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[综合交流] 冠醚与碱金属离子配位采用什么基组方法以及是否考虑溶剂化?

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现在一些文献中用的基础方法千奇百怪,而且有的并没有明显规律,一般文献中算了气相条件下和液相条件(一般文献中水做溶剂),并不能很好的观察其选择性好,文献中一般从结合能和吉布斯自由能判断冠醚与碱金属离子的配位,所以,这里我想请问老师,我想研究冠醚跟碱金属离子的选择性,采用什么基组方法比较好,其次,是否需要考虑溶剂化,考虑溶剂化用什么溶剂比较好。最后,我该从什么角度去判断冠醚与离子选择性好坏?

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发表于 Post on 2025-4-26 12:10:48 | 只看该作者 Only view this author
之前在知乎看到过一篇文章 给你参考:https://www.zhihu.com/question/656442659/answer/3555428110

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发表于 Post on 2025-4-26 19:22:26 | 只看该作者 Only view this author
对于Gaussian用户,从性价比考虑,wB97XD或M06-2X结合6-311+G(2d,p)算电子能量并用SMD溶剂模型,opt freq过程基组减小到6-311G*并用IEFPCM溶剂模型。

对于量子化学计算角度,用结合自由能说事

参考文章:
谈谈分子间结合能的构成以及分解分析思想
http://sobereva.com/733http://bbs.keinsci.com/thread-50890-1-1.html
使用Shermo结合量子化学程序方便地计算分子的各种热力学数据
http://sobereva.com/552http://bbs.keinsci.com/thread-17494-1-1.html
谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算
http://sobereva.com/327http://bbs.keinsci.com/thread-3345-1-1.html
简谈量子化学计算中DFT泛函的选择
http://sobereva.com/272http://bbs.keinsci.com/thread-536-1-1.html

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
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思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-5-16 15:47:31 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-4-26 19:22
对于Gaussian用户,从性价比考虑,wB97XD或M06-2X结合6-311+G(2d,p)算电子能量并用SMD溶剂模型,opt freq过 ...

老师,我这里有个问题我用上面提到的方法12-CROWN-4/Li+的配合物做opt freq,溶剂甲醇,二三十分钟就计算结束了,而单独的12-crown-4计算二三十分钟就报错了,是什么原因呢?

12C4.rar

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发表于 Post on 2025-5-16 16:29:00 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 Solitude198 于 2025-5-16 16:35 编辑
被科研狠狠摩擦 发表于 2025-5-16 15:47
老师,我这里有个问题我用上面提到的方法12-CROWN-4/Li+的配合物做opt freq,溶剂甲醇,二三十分钟就计算 ...

善用搜索,l9999老生常谈的问题

查看你的log文件,

  1. ……
  2. Optimization stopped.
  3. -- Number of steps exceeded, NStep= 150
  4. -- Flag reset to prevent archiving.
  5. ……
  6. Error termination request processed by link 9999.
复制代码


http://bbs.keinsci.com/thread-4829-1-1.html


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发表于 Post on 2025-5-17 04:33:40 | 只看该作者 Only view this author
被科研狠狠摩擦 发表于 2025-5-16 15:47
老师,我这里有个问题我用上面提到的方法12-CROWN-4/Li+的配合物做opt freq,溶剂甲醇,二三十分钟就计算 ...

教科书式的几何优化震荡
按下文解决
量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
http://sobereva.com/164
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-7-25 19:55:15 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-5-17 04:33
教科书式的几何优化震荡
按下文解决
量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法

老师,就是今年学期总结的时候,外校的老师给我提出的建议就是,冠醚与碱金属离子配位的时候,他觉得赝式基组对金属离子多少会对金属离子产生影响,起码能量上有差异,但是我看了老师论坛里赝式基组的文章,赝式基组有好处,也有坏处,但这里坏处大于好处,我觉得Li+、Na+、K+可以不用赝式基组。但是,我导儿让我选择,用还是不用,拿数据支撑,在这个体系,赝式基组的好处坏处到底咋样?老师,这方面您有什么建议吗?

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发表于 Post on 2025-7-26 12:26:55 | 只看该作者 Only view this author
被科研狠狠摩擦 发表于 2025-7-25 19:55
老师,就是今年学期总结的时候,外校的老师给我提出的建议就是,冠醚与碱金属离子配位的时候,他觉得赝式 ...

不说具体什么赝势基组,问这个没意义
一个好的赝势基组的结果明显比一个烂的全电子基组强。从你的描述上看,你说的那个老师似乎对赝势存在明显的误解和偏见
Li+、Na+、K+没有用赝势基组的刚需,但如果有很多个K,用恰当的赝势基组,在精度同样的情况下能比用全电子基组节约不少耗时。
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