求助：通过Dimer精收敛找到过渡态后如何画能垒图

bling1121 · 发表于 Post on 2025-4-29 23:41:37

我先是通过CINEB进行粗收敛，接着将能量最高的点进行了dimer精收敛，确定该点为过渡态，为了绘制能垒图，那我下一步要用dimer算其他不是过渡态的点？

sobereva · 发表于 Post on 2025-4-29 23:57:20

极小点用常规的几何优化方式得到。dimer是专门搜索过渡态的，不是通用的适用于任意类型驻点优化的算法。参考下文的介绍
过渡态、反应路径的计算方法及相关问题
http://sobereva.com/44

bling1121 · 发表于 Post on 2025-4-30 16:21:43

本帖最后由 bling1121 于 2025-4-30 16:24 编辑

sobereva 发表于 2025-4-29 23:57
极小点用常规的几何优化方式得到。dimer是专门搜索过渡态的，不是通用的适用于任意类型驻点优化的算法。参 ...

我已经通过结构优化找到最低点了，然后通过dimer也找到过渡态了，得到了过渡态的能量了，现在只有三个能量，我想要画这种能垒图，点不够，其他位置点的能量那我要用结构优化得到吗？但是结构优化它不是会自动跑去最低点的位置吗？

ykhuang · 发表于 Post on 2025-4-30 20:53:45

bling1121 发表于 2025-4-30 16:21
我已经通过结构优化找到最低点了，然后通过dimer也找到过渡态了，得到了过渡态的能量了，现在只有三个能 ...

这图你把dimer那个结果放在中间，两边沿用NEB结果就可以了

bling1121 · 发表于 Post on 2025-4-30 22:25:59

本帖最后由 bling1121 于 2025-4-30 22:27 编辑

ykhuang 发表于 2025-4-30 20:53
这图你把dimer那个结果放在中间，两边沿用NEB结果就可以了

neb是用的粗收敛标准，算出来的能量都比较高，比dimer精收敛得到的过渡态的能量要高，但不是过渡态的能量最高嘛，所以用neb的能量画不了

Stardust0831 · 发表于 Post on 2025-5-1 10:10:51

bling1121 发表于 2025-4-30 22:25
neb是用的粗收敛标准，算出来的能量都比较高，比dimer精收敛得到的过渡态的能量要高，但不是过渡态的能量 ...

可以用现有的极小点、dimer找到的过渡态，再插一次点跑NEB。计算级别需要和dimer和优化一致。

bling1121 · 发表于 Post on 2025-5-1 10:47:26

本帖最后由 bling1121 于 2025-5-3 11:21 编辑

Stardust0831 发表于 2025-5-1 10:10
可以用现有的极小点、dimer找到的过渡态，再插一次点跑NEB。计算级别需要和dimer和优化一致。

好的我试试，感谢！

我试了，要让CINEB达到高精度的收敛好难，力只能收敛到0.2

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