计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 1766|回复 Reply: 10
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[GROMACS] 如何将高斯优化后的结构用于分子模拟

[复制链接 Copy URL]

57

帖子

0

威望

321

eV
积分
378

Level 3 能力者

如题,我的分子带有共轭骨架的带电分子,高斯优化后的结构电子云是离域的,我可以直接用这样的结构导入程序用于生成拓扑文件吗,我想利用charmm-gui的ligand模块生成可用于charmm36力场的拓扑文件

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120109

管理员

公社社长

2#
发表于 Post on 2025-5-1 12:43:52 | 只看该作者 Only view this author
甭管有没有电子离域问题,跟产生拓扑文件毫无关系。
产生拓扑文件的例子和注意事项参考http://sobereva.com/soft/Sobtop
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

57

帖子

0

威望

321

eV
积分
378

Level 3 能力者

3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-5-7 22:03:49 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-5-1 12:43
甭管有没有电子离域问题,跟产生拓扑文件毫无关系。
产生拓扑文件的例子和注意事项参考http://sobereva.co ...

谢谢卢老师,意思是其实拓扑文件里的原子电子分布都是再分配的,和初始结构的电子分布情况其实没有关系这样对吗,那关于其实高斯优化后的结构单双键的情况其实也不影响拓扑文件的生成。这样不知道我理解的对不对

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120109

管理员

公社社长

4#
发表于 Post on 2025-5-8 00:02:39 | 只看该作者 Only view this author
NEW12138 发表于 2025-5-7 22:03
谢谢卢老师,意思是其实拓扑文件里的原子电子分布都是再分配的,和初始结构的电子分布情况其实没有关系这 ...

拓扑文件里要设置原子电荷,原子电荷是什么概念,在下文有清晰的介绍。原子电荷体现了当前结构下原子带的净电荷量。
一篇深入浅出、完整全面介绍原子电荷的综述文章已发表!
http://sobereva.com/714http://bbs.keinsci.com/thread-46067-1-1.html

你所说的“初始结构”指代不明。大多数原子电荷,诸如ADCH、RESP、Hirshfeld、Mulliken等,都是依赖于几何结构的,一般是基于量子化学得到的基态的真实波函数/电子密度进一步得到的,也有一些方法如EEM依赖于几何结构但不需要波函数或电子密度就能算出来。也有的原子电荷如Gasteiger只依赖于成键关系而不依赖于原子坐标。

对于sobtop产生拓扑文件,以mol2作为输入文件时,只要mol2里成键关系(谁跟谁成键)描述对了,就行了,不管mol2里记录的形式键级是几重键。

评分 Rate

参与人数
Participants 1
eV +1 收起 理由
Reason
sarphuart + 1 谢谢

查看全部评分 View all ratings

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

57

帖子

0

威望

321

eV
积分
378

Level 3 能力者

5#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-5-8 11:55:50 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-5-8 00:02
拓扑文件里要设置原子电荷,原子电荷是什么概念,在下文有清晰的介绍。原子电荷体现了当前结构下原子带的 ...

好的,谢谢老师,我再去看看这篇文章进一步了解一下原子电荷。因为我要重复工作用charmm力场所以暂时没办法用sobtop,需要用swissparam

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120109

管理员

公社社长

6#
发表于 Post on 2025-5-9 00:22:00 | 只看该作者 Only view this author
NEW12138 发表于 2025-5-8 11:55
好的,谢谢老师,我再去看看这篇文章进一步了解一下原子电荷。因为我要重复工作用charmm力场所以暂时没办 ...

swissparam产生的是MMFF94的拓扑文件而非CHARMM力场的
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

57

帖子

0

威望

321

eV
积分
378

Level 3 能力者

7#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-5-9 14:40:55 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-5-9 00:22
swissparam产生的是MMFF94的拓扑文件而非CHARMM力场的

是的老师,swissparam生成的拓扑文件和charmm36力场是兼容的对吧

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120109

管理员

公社社长

8#
发表于 Post on 2025-5-9 17:18:12 | 只看该作者 Only view this author
NEW12138 发表于 2025-5-9 14:40
是的老师,swissparam生成的拓扑文件和charmm36力场是兼容的对吧

根本不兼容
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

57

帖子

0

威望

321

eV
积分
378

Level 3 能力者

9#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-5-9 21:24:35 | 只看该作者 Only view this author

老师,我看swissparam的2023年的文章提到好像是更新了兼容CHARMM36(SwissParam 2023: A Modern Web-Based Tool for Efficient Small Molecule Parametrization | Journal of Chemical Information and Modeling),您看看这符合吗

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120109

管理员

公社社长

10#
发表于 Post on 2025-5-9 21:53:34 | 只看该作者 Only view this author
NEW12138 发表于 2025-5-9 21:24
老师,我看swissparam的2023年的文章提到好像是更新了兼容CHARMM36(SwissParam 2023: A Modern Web-Base ...

虽然可以用,但结合CHARMM力场描述生物分子时,对非生物分子的有机体系一般都是用CHARMM力场一伙人搞的CGenFF,用SwissParam比较非主流,大概率审稿人还会comment,到时候还得解释
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

57

帖子

0

威望

321

eV
积分
378

Level 3 能力者

11#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-5-9 22:04:39 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-5-9 21:53
虽然可以用,但结合CHARMM力场描述生物分子时,对非生物分子的有机体系一般都是用CHARMM力场一伙人搞的CG ...

明白老师您的意思了,谢谢您的建议,这两天有把CGENFF和swissparam得到的分子拓扑都放到体系里跑跑看

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2025-8-14 04:13 , Processed in 0.169644 second(s), 24 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list