计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 250|回复 Reply: 4
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[综合交流] 无定型二氧化硅结构中部分硅原子连有五个键是否合理?

[复制链接 Copy URL]

10

帖子

0

威望

87

eV
积分
97

Level 2 能力者

最近在使用MS中的无定型SiO2模型时发现部分硅原子连有5个键,随后又看了一下VMD中的无定型SiO2的结构,发现也存在连有5个键的硅原子。理论上Si不是应该连有4个键吗,求问各位老师上述两个结构是否合理?

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120109

管理员

公社社长

2#
发表于 Post on 2025-5-7 17:32:39 | 只看该作者 Only view this author
了解可视化程序是怎么判断成键关系的,不要想多了、过度解释。看
谈谈原子间是否成键的判断问题
http://sobereva.com/414http://bbs.keinsci.com/thread-9840-1-1.html
谈谈VMD可视化程序的连接关系的判断和设置问题
http://sobereva.com/534http://bbs.keinsci.com/thread-16396-1-1.html

动力学过程由于热运动,未成键的原子由于瞬时距离较近被判断为成键很正常。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

10

帖子

0

威望

87

eV
积分
97

Level 2 能力者

3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-5-7 18:28:07 | 只看该作者 Only view this author
谢谢sob老师,我是想要基于无定型SiO2构建模型用于后续的分子动力学计算,按照您发的两篇帖子来看原子间是否成键对于分子动力学还是存在影响的,那这个时候是不是可以按照您说的在VMD的DynamicBonds方式显示下进行成键的修改?

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120109

管理员

公社社长

4#
发表于 Post on 2025-5-7 21:26:27 | 只看该作者 Only view this author
雷阵雨 发表于 2025-5-7 18:28
谢谢sob老师,我是想要基于无定型SiO2构建模型用于后续的分子动力学计算,按照您发的两篇帖子来看原子间是 ...

dynamicbonds只影响表面上的显示,不影响内在的成键关系
如果你要用sobtop产生无定型SiO2的拓扑文件,又不想出现多余的键,可以在sobtop目录下的bondcrit.dat里自定义成键判断阈值,免得偏长的键也被判断为成键
也可以尝试先把无定型SiO2做一下优化,能使得很多离得过近的不成键的原子间离得不那么近、不容易被判断成成键
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

10

帖子

0

威望

87

eV
积分
97

Level 2 能力者

5#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-5-8 10:57:46 | 只看该作者 Only view this author
好的,谢谢sob老师

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2025-8-14 04:13 , Processed in 0.149768 second(s), 20 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list