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[GROMACS] gromacs模拟添加wall设置后mdrun无法进行

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我建立了一个纤维素层+水层的模型,使用gromacs2018.8,进行NVT系综的分子动力学模拟,目的是观察400ps内水分子的蒸发行为,模型如图所示。
我初始采用的是三维周期性结构,发现由于纤维素中存在氢键,与水分子间存在相互作用,使得水分子在模拟过程中会向下扩散,由于z轴方向的周期性,这部分水会从盒子的上方重新出现,我希望通过添加wall来阻止这种行为的发生,但是添加wall之后,mdrun运行md过程无法进行且出现该报错Software inconsistency error:Lost particles while sorting。我尝试将wall的设置放在em过程,同样是该报错。如下是我em和mdNVT过程的mdp文件,以及报错详细信息,恳请各位大佬帮帮小弟
我的建模思路是参考了这篇文章,我下载他的si中的这个视频,发现他同样采用NVT系综去模拟蒸发过程,但是其中的水分子完全不会往下面的纤维素分子扩散,像是有一个墙挡在二者之间,想请问各位大佬这个是怎么做到的


em.mdp

517 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 7

能量最小化mdp文件

mdNVT (2).mdp

852 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 8

NVT模拟mdp文件

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-5-7 18:56:17 | 只看该作者 Only view this author
这是我参考的模型图

202505071855582679..png (364.84 KB, 下载次数 Times of downloads: 21)

202505071855582679..png

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-5-7 19:22:00 | 只看该作者 Only view this author
这是NVTmd模拟的报错

202505071921461050..png (45.72 KB, 下载次数 Times of downloads: 18)

202505071921461050..png

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发表于 Post on 2025-5-7 21:29:41 | 只看该作者 Only view this author
有别人回复之前若需要对帖子进行修改、补充,应直接编辑原帖,不要通过回帖进行补充,导致信息零零碎碎,这点在置顶的新社员必读贴里明确说了。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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发表于 Post on 2025-5-7 21:31:38 | 只看该作者 Only view this author
让盒子底端留出一点真空区再试,别让原子一开始就越过盒子底端
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-5-8 10:37:28 | 只看该作者 Only view this author
感谢社长提醒,我下次会注意!

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