求助更换恒压器后原本达到平衡的系统在运行分子动力学不能达到平衡

flymetothemoon · 发表于 Post on 2025-5-7 22:28:33

本帖最后由 flymetothemoon 于 2025-5-7 22:31 编辑

各位老师，
大家好，我使用的gromacs版本是2024.1

我读取了之前做的NVT平衡的速度和位置，进行NPT平衡，采用的是Berendsen恒压器和Nose-Hoover恒温器，得到的结果如下图，达到了平衡。

但在我读取gro文件继续进行NPT模拟时，我将恒压器更换为Parrinello-Rahman恒压器，nstlist由10改为20，我的模拟结果出现了问题，我不太明白为什么会出现这种情况，以及怎么解决这个问题，希望各位老师能帮我解答一下，谢谢各位老师。

npt.mdp为出现问题的模拟的参数文件
npt_eqb.mdp为达到平衡的模拟的参数文件

npt.mdp (1.19 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

npt_eqb.mdp (1.32 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

sobereva · 发表于 Post on 2025-5-7 23:38:36

PR压浴就是容易震荡

可以平衡相模拟和产生相模拟都用c-rescale压浴，就不会有这麻烦事

参考北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/KGMX）这页幻灯片：

flymetothemoon · 发表于 Post on 2025-5-8 09:01:45

sobereva 发表于 2025-5-7 23:38
PR压浴就是容易震荡

可以平衡相模拟和产生相模拟都用c-rescale压浴，就不会有这麻烦事

谢谢sob老师

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