求助GROMACS能量最小化后能量垂直下降

17-li

我在用GROMACS跑一个纯DNA框架核酸体系，力场文件用的是amber14sb_OL15.ff_corrected-Na-cation-params/amber14sb_OL15.ff，前面运行了gmx pdb2gmx、定义晶胞（-bt dodecahedron）、体系溶剂化、添加离子（-conc 0.15 -pname NA -nname CL -neutral)，能量最小化（em.mdp参数如下）之后查看potential，发现异常：从1e13骤降至0，不知道是什么原因。

define      = -DFLEXIBLE

; 基本控制参数

integrator           = steep

nsteps               =100000

emtol                =200

emstep               =0.01

; 非键相互作用

nstlist          = 10

cutoff-scheme     =Verlet

vdwtype           =Cut-off

rlist             =1.5

rcoulomb          =1.5

rvdw              =1.5

coulombtype       =PME

fourierspacing   = 0.1

pme_order        =4

; 约束与周期性边界

constraints          = h-bonds

pbc                  =xyz

; 输出控制

nstenergy        = 100

nstxout          = 0

nstlog           = 100

nstcalcenergy    = 100

sobereva

能量极小化根本没有时间的概念，这种图没意义

tptp

sobereva 发表于 2025-5-9 02:01
能量极小化根本没有时间的概念，这种图没意义

sob老师打扰您了，这个楼主的能量最小化mdp参数用了define      = -DFLEXIBLE和integrator           = steep，这个是合理的参数设置吗，我记得您在课上说用cg的时候用define      = -DFLEXIBLE。谢谢老师

sobereva

tptp 发表于 2025-5-9 09:28
sob老师打扰您了，这个楼主的能量最小化mdp参数用了define      = -DFLEXIBLE和integrator           = s ...

不冲突
只不过是用cg的时候必须用-DFLEXIBLE。用steep时可用可不用