怎么利用超算平台上的Gromacs进行模拟文件准备、MD模拟的slurm脚本检查

Wqyin · 发表于 Post on 2025-5-8 22:31:12

超算平台用的Gromacs是2020版本的，我电脑装的是2025版本的。所以我想调用超算平台的Gromacs进行模拟盒子准备等步骤，但是我询问管理员说没人用过交互的命令，她也不知怎么用，我摸索了很久也没摸到门路，不知怎么才能实现，所以请教一下各位前辈。
然后关于slurm脚本，我学了很久还是一头雾水，希望前辈能帮忙看看，图1是管理员给的slurm脚本示例，但是AI检查说是环境配置那部分source不正确，应该用load module加载，图2是修改后的slurm脚本，不知是否可行:

，或者有没有前辈能分享一下可行的slurrm脚本。

annapofo · 发表于 Post on 2025-5-8 23:26:41

学校超算平台有指令的吧，你搜搜你学校的看看

student0618 · 发表于 Post on 2025-5-9 00:09:05

本帖最后由 student0618 于 2025-5-9 00:15 编辑

不同管理方法的集群环境变量会不同的，应先试用管理员给的模板。

别盲目相信AI，目前AI还有很多不足。要如何用AI可参考社长sob老师的评论：http://bbs.keinsci.com/forum.php ... id=52382&pid=329534

不是所有集群都采用Module File的，你这样改，然后集群如果真的不是用module file跑不了，再回去问管理员改回去，还白白浪费不少时间。

sobereva · 发表于 Post on 2025-5-9 02:19:31

自己机子上用gmx 2020创建tpr文件，装一个又不费劲

Wqyin · 发表于 Post on 2025-5-9 15:25:22

annapofo 发表于 2025-5-8 23:26
学校超算平台有指令的吧，你搜搜你学校的看看

就是有个说salloc是用于交互的，但是没详细说，我试了可以分配到资源，但是还是没法调动Gromacs

Wqyin · 发表于 Post on 2025-5-9 15:25:58

student0618 发表于 2025-5-9 00:09
不同管理方法的集群环境变量会不同的，应先试用管理员给的模板。

别盲目相信AI，目前AI还有很多不足。要 ...

好的，感谢！

Wqyin · 发表于 Post on 2025-5-9 15:26:44

sobereva 发表于 2025-5-9 02:19
自己机子上用gmx 2020创建tpr文件，装一个又不费劲

好的，谢谢社长

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