-ntomp核心数怎么选择让模拟速度更快？运行时发现80核预计运行时间比40核多一年左右

Wqyin · 发表于 Post on 2025-5-10 16:47:15

本帖最后由 Wqyin 于 2025-5-10 20:43 编辑

我先在超算平台上申请了40核，运行md模拟时，尝试将-ntomp分别设置为20 30 35 40，结果发现预计运行时间快到慢依次为30>20>35>40。
然后我重新申请了2个节点、共80核，再次运行同一md模拟，发现无论-ntomp设置为多少，预计运行时间都比上面申请40核的多一年左右，这是为什么？
这种情况的话，请问我应该怎么设置或者测试，以让该md模拟作业正式提交到超算平台时运行更快一些？
麻烦各位老师、前辈指点一下。

abin · 发表于 Post on 2025-5-10 16:58:35

没IB设备的机器，
以及你的MPI不支持IB的场景，
以及编译的时候，未合理适配IB设备的场景，
建议，尽量单机多核心并行……
如有选择空间，建议优先采用2^n个核心。
核心越多跑越快，是有前提的。

付费的超算，并不提供调优建议的……
或许，你跑得越慢，才最符合商家预期的设定。

Wqyin · 发表于 Post on 2025-5-10 17:31:41

abin 发表于 2025-5-10 16:58
没IB设备的机器，
以及你的MPI不支持IB的场景，
以及编译的时候，未合理适配IB设备的场景，

明白了。多谢前辈指点。

sobereva · 发表于 Post on 2025-5-10 17:59:52

这年头大家普遍都用GPU跑，你用个GPU像样的笔记本跑gromacs都比你用80核的超算CPU跑更快，而且跨节点更是损耗性能。倘若你的超算上就是用的GPU跑，事先说清楚。
另外，纯CPU跑时OpenMP线程不宜太多，一般建议<=8个，与thread-MPI线程数的乘积等于总物理核心数。

Wqyin · 发表于 Post on 2025-5-10 20:41:10

本帖最后由 Wqyin 于 2025-5-10 20:42 编辑

sobereva 发表于 2025-5-10 17:59
这年头大家普遍都用GPU跑，你用个GPU像样的笔记本跑gromacs都比你用80核的超算CPU跑更快，而且跨节点更是损 ...

了解了，多谢社长。以上确实是纯CPU跑的，目前也确实没办法实现用GPU的比较好的计算机跑。
然后我想问一下，我的体系原子数大概5.3万，如果结合对比intelMPI，怎么分配会更好一些：是单节点thrad-MPI还是2节点intel-MPI好一些？

sobereva · 发表于 Post on 2025-5-10 22:58:28

Wqyin 发表于 2025-5-10 20:41
了解了，多谢社长。以上确实是纯CPU跑的，目前也确实没办法实现用GPU的比较好的计算机跑。
然后我想问一 ...

单节点thread-MPI

Wqyin · 发表于 Post on 2025-5-11 15:59:27

sobereva 发表于 2025-5-10 22:58
单节点thread-MPI

了解！谢谢社长

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register

[GROMACS] -ntomp核心数怎么选择让模拟速度更快？运行时发现80核预计运行时间比40核多一年左右