求助MMPBSA计算蛋白质-蛋白质结合能为正值

HDW98

计算一个symmetric protein的结合能，且已经知道该天然蛋白质是可以结合的，我的课题是要分开他。计算均用ambertool的mmpbsa.py。在模拟了200 ns后取了最后的25 ns 约500帧，计算后结果明显异常，想请教一下各位老师排查问题的常规思路，我是初学者应该有很多低级错误，请各位老师帮下忙感谢！。

mmpbsa.in：&general
  startframe=3490,
  endframe=3990,
  interval=1,
  verbose=2,
  keep_files=1,
  strip_mask = ":WAT,Cl*,CIO,Cs+,IB,K*,Li+,MG*,Na+,Rb+,CS,RB,NA,F,CL",
/
&gb
  igb=5,
  saltcon=0.150,
/
&pb
  istrng=0.150,
  fillratio=3.0,
/
  &decomp
  idecomp=1,
  dec_verbose=0,
  csv_format=1,
/


结果GB的自由能： Differences (Complex - Receptor - Ligand):
Energy Component            Average              Std. Dev.   Std. Err. of Mean
-------------------------------------------------------------------------------
BOND                        -0.0000                0.0000              0.0000
ANGLE                       -0.0000                0.0000              0.0000
DIHED                       -0.0111                0.0093              0.0028
VDWAALS                   -258.1189                7.9102              2.3850
EEL                       -572.3215               28.2050              8.5041
1-4 VDW                      0.0000                0.0000              0.0000
1-4 EEL                     -0.0000                0.0001              0.0000
EGB                        783.6395               20.2366              6.1016
ESURF                      -37.1490                1.0643              0.3209

DELTA G gas               -830.4516               27.2142              8.2054
DELTA G solv               746.4904               20.2104              6.0937

DELTA TOTAL                -83.9611               11.7399              3.5397

但是PB的结果确实正的：
Differences (Complex - Receptor - Ligand):
Energy Component            Average              Std. Dev.   Std. Err. of Mean
-------------------------------------------------------------------------------
BOND                        -0.0000                0.0000              0.0000
ANGLE                       -0.0000                0.0000              0.0000
DIHED                       -0.0111                0.0093              0.0028
VDWAALS                   -258.1189                7.9102              2.3850
EEL                       -572.3215               28.2050              8.5041
1-4 VDW                      0.0000                0.0000              0.0000
1-4 EEL                     -0.0000                0.0001              0.0000
EPB                        696.6361               19.5320              5.8891
ENPOLAR                   -200.7016                4.2160              1.2712
EDISPER                    385.2201                5.5607              1.6766

DELTA G gas               -830.4516               27.2142              8.2054
DELTA G solv               881.1545               18.5967              5.6071

DELTA TOTAL                 50.7030               15.9857              4.8199


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sobereva

用较好的GBneck2（igb=8，详见手册）做MM/GBSA，如果结果满足期望，就用这个

HDW98

sobereva 发表于 2025-5-12 04:12
用较好的GBneck2（igb=8，详见手册）做MM/GBSA，如果结果满足期望，就用这个

感谢！顺带请教一下为什么pbsa和gbsa结异常的原因嘛

sobereva

HDW98 发表于 2025-5-12 17:39
感谢！顺带请教一下为什么pbsa和gbsa结异常的原因嘛

二者求解思想差异极大，PB求解过程复杂。如果明显有异常，宁可用稳定性相对更好的GB（结合合理的有效Born半径计算方式）。另外，用GBNSR6结果可能更好

HDW98

sobereva 发表于 2025-5-12 19:06
二者求解思想差异极大，PB求解过程复杂。如果明显有异常，宁可用稳定性相对更好的GB（结合合理的有效Born ...

谢谢老师