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[GROMACS] 用Gromacs做纯离子液体的VACF,请教一下参照文献参数做出来的曲线为什么不平滑

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请教一下做出来的数据为啥没文献上看起来的平滑的原因是什么

202505111255381383..png (19.37 KB, 下载次数 Times of downloads: 19)

做出的数据

做出的数据

202505111252442418..png (37.63 KB, 下载次数 Times of downloads: 18)

文献数据

文献数据

202505111251412787..png (51.81 KB, 下载次数 Times of downloads: 19)

文献方法

文献方法

prod2.mdp

578 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 4

MD参数

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-5-11 13:00:24 | 只看该作者 Only view this author
命令是gmx velacc -f prod14.trr -s prod14.tpr -n index1.ndx -o cation_vac15.xvg -dt 0.05 -b 80000 -e 120000

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发表于 Post on 2025-5-11 18:32:13 | 只看该作者 Only view this author
zy12 发表于 2025-5-11 13:00
命令是gmx velacc -f prod14.trr -s prod14.tpr -n index1.ndx -o cation_vac15.xvg -dt 0.05 -b 80000 -e  ...

有别人回复之前若需要对帖子进行修改、补充,应直接编辑原帖,不要通过回帖进行补充,导致信息零零碎碎,这点在置顶的新社员必读贴里明确说了。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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发表于 Post on 2025-5-11 18:36:34 | 只看该作者 Only view this author
nstvout = 500设得太大,速度每0.5 ps保存一次速度,显然导致VACF统计间隔非常大
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-5-11 18:48:16 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-5-11 18:32
有别人回复之前若需要对帖子进行修改、补充,应直接编辑原帖,不要通过回帖进行补充,导致信息零零碎碎, ...

好的 社长 我下次注意。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-5-11 18:50:28 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-5-11 18:36
nstvout = 500设得太大,速度每0.5 ps保存一次速度,显然导致VACF统计间隔非常大

社长 请问Gromacs能分时间段设置保存频率吗,如果按0.05 ps保存速度的话,跑120 ns最后出来的trr文件太大了,就像文献中后80-120 ns以小频率保存

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发表于 Post on 2025-5-11 19:50:49 | 只看该作者 Only view this author
zy12 发表于 2025-5-11 18:50
社长 请问Gromacs能分时间段设置保存频率吗,如果按0.05 ps保存速度的话,跑120 ns最后出来的trr文件太大 ...

不能
分两次跑。或者跑一次之后,再用trjconv处理,之后删除原轨迹
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-5-11 20:27:04 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-5-11 19:50
不能
分两次跑。或者跑一次之后,再用trjconv处理,之后删除原轨迹

社长,请问分两次跑的话,第一次的trr文件还要吗 还是只是拿最后一帧的gro文件 当做初始结构跑第二次的模拟,用第二次生成的trr文件

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发表于 Post on 2025-5-12 00:35:23 | 只看该作者 Only view this author
zy12 发表于 2025-5-11 20:27
社长,请问分两次跑的话,第一次的trr文件还要吗 还是只是拿最后一帧的gro文件 当做初始结构跑第二次的模 ...

不需要

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-5-12 12:07:10 | 只看该作者 Only view this author

好的 谢谢社长

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