求助使用AUTOFF和ligpargen计算组分的OPLS-AA力场，发现两者在角参数上有出入

slxc920113

huangzi 发表于 2025-5-14 19:43
老师，我先选择了OPLS-AA/M力场加上OPLS-AA/L做备选，然后导出来了lammps力场文件，发现跟我用ligpargen ...

你把差异标注出来，什么分子的什么原子，什么参数，AuToFF和Ligpargen各是什么，才能分析。

huangzi

老师这是我模拟的聚合物，这是两个单体组成的聚合物，在O-C-O(789)这块AuToFF的Angle Coeffs是239.005736    106.261033，而我用ligpargen的出来的Angle Coeffs是69.900    118.180，之后其他的我就没有排查了，这个已经不一样了，然后我的方法是，在autoff中首选opls-aa/m力场，然后备选opls-aa/l，因为ligpargen看不到原子的id所以我在autoff中利用键原子的参数id反推出了我在ligpargen下的原子顺序和id，以便我可以序号与原子一一对应，然后现在我模拟的模型，假如timestep在0.001fs，体系就可以跑得动，假如增加至0.1fs就会报错键原子丢失，一直都是同一类键原子，所以我在想是不是力场参数有问题，然后回过头检查，发现键参数两种方法下的计算一样，而角参数不一样，请问这会有影响吗，谢谢老师

slxc920113

huangzi 发表于 2025-5-15 16:59
老师这是我模拟的聚合物，这是两个单体组成的聚合物，在O-C-O(789)这块AuToFF的Angle Coeffs是239.005736   ...

AuToFF本身是缺失O-C-O的成键参数的，在公开的OPLS-AA力场参数中是没有检索到的，所以是用当前的角度作为平衡角度，加了harmonic的角约束势。LigPargen是怎么补齐的不清楚。
至于你的崩溃问题，应该和这个没有关系，你先检查你的步长是否正确，单位制有没有搞错。

neocc

sarphuart 发表于 2025-5-15 09:08
你换个力场或者同时选择多个力场，系统会自动把不被识别的原子 DU 加到另一个可被识别的力场上，只要不出 ...

好，谢谢

huangzi

slxc920113 发表于 2025-5-15 17:55
AuToFF本身是缺失O-C-O的成键参数的，在公开的OPLS-AA力场参数中是没有检索到的，所以是用当前的角度作 ...

好，谢谢老师，我的崩溃问题先是检查了力场文件发现没有问题，我是在lammps里面建成盒子之后就forcite优化了一下，用的cvff力场导出的data文件，后更换了oplsaa参数，模型较小的话0.01fs可以模拟，模型较大的花就0.001fs才能模拟，增大就会报错同一类型键原子丢失，目前找不到问题了，老师可以帮忙看看吗