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[GROMACS] 求助10个聚合物的自组装,溶剂是水,轨迹修复一直平动

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楼主
我的体系是10个聚合物的自组装,溶剂是水,初始分子是分散的,后面慢慢聚集在一起
NPT生产模拟后,修复轨迹
①gmx trjconv -s P6-D4_md.tpr -f P6-D4_md.xtc -o P6-D4_pbc.xtc -pbc mol
②gmx trjconv -s P6-D4_md.tpr -f P6-D4_pbc.xtc -o P6-D4_pbc+cluster.xtc -pbc cluster
https://pan.baidu.com/s/1Nhu-cbTKVqBWhDWoGYVtrQ?pwd=q7ht 提取码:q7ht,这里有我的结构文件和轨迹文件,P6-D4_md.xtc是初始轨迹,P6-D4_pbc+cluster使用pbc mol 和 pbc cluster处理后的轨迹,一直修复不好,文件有些大,麻烦大佬们帮忙看一下应该怎么修复

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2#
发表于 Post on 2025-5-15 19:37:44 | 只看该作者 Only view this author
12G 的轨迹文件?

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