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[Gaussian/gview] 已解决_求助:我不能理解苯胺几何优化计算结果的几何结构

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本帖最后由 Piggy2907 于 2025-5-23 13:55 编辑

软件版本:Gaussian 16, Revision A.03
计算级别: B3LYP/6-311+G(d,p)  em=GD3BJ
计算任务:Opt+Freq
计算对象:苯胺
我的疑问:按我的理解,氮原子上的孤电子应该平行于大π键,但是算出来发现孤电子基本上垂直于大π键(如下图),是为什么呢?



化学是混沌中的对称美学

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来自 10#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-5-16 10:46:09 | 只看该作者 Only view this author
好的,感谢各位大佬,我使用二面角扫描解决问题了
化学是混沌中的对称美学

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发表于 Post on 2025-5-15 21:33:09 | 只看该作者 Only view this author
提高计算的级别再看一下。这几个构象的能量差距很小。另外可以做一下构象搜索看一下。

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鸩羽

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发表于 Post on 2025-5-15 22:14:54 | 只看该作者 Only view this author
看看有虚频没有
如果没虚频,那就是个局域极小点,并非全局极小点
某不知名实验组从苞米地里长出来的计算选手

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-5-15 22:25:02 | 只看该作者 Only view this author
wal 发表于 2025-5-15 22:14
看看有虚频没有
如果没虚频,那就是个局域极小点,并非全局极小点

如何得到全局极小点呢?
化学是混沌中的对称美学

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发表于 Post on 2025-5-15 22:35:59 | 只看该作者 Only view this author
Piggy2907 发表于 2025-5-15 22:25
如何得到全局极小点呢?

构象搜索或者跑分子动力学

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发表于 Post on 2025-5-15 22:39:39 | 只看该作者 Only view this author
Piggy2907 发表于 2025-5-15 22:25
如何得到全局极小点呢?

构象搜索
某不知名实验组从苞米地里长出来的计算选手

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7#
发表于 Post on 2025-5-15 22:48:12 | 只看该作者 Only view this author
这种刚性小分子还不至于刚性搜索。把C-N键中心的二面角调一下重新优化,比较一下能量就行了。

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发表于 Post on 2025-5-15 23:24:49 | 只看该作者 Only view this author
你这个包有问题的,而且我怀疑应该是B3LYP泛函的问题,要么就是你的计算有问题,你最好把输入和输出文件都贴出来,参考我用ORCA在wB97X-D4/def2-TZVP级别下计算的结果,可以看到按照你那个结构来是有一个虚频的,这个虚频刚好还对应氨基的转动,因此你那个结构必然不可能是全局极小值点:
我试了一下用manual displacement处理了一下氨基的角度,然后重新在同一个级别下做了优化,得到这样的结构,没有虚频:

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9#
发表于 Post on 2025-5-16 06:35:51 | 只看该作者 Only view this author
优化之前要把NH2转成接近和苯环平行的结构。把初始结构摆得尽可能符合常识
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2025-5-16 18:01:51 | 只看该作者 Only view this author
可能是因为你初始结构就有 Cs 对称性(苯环为镜面),导致优化过程中这种对称性一直没法被破坏。
现代化学以狄拉克的一句“一切化学问题业已解决”为嚆矢。滥觞于经验主义传统的期望正失去它们的借鉴意义。但面对看似不可达的通往天堂之阶梯,我想循伍德沃德“最好的模型是你底物的对映异构体”的信仰好过过早地振翮。
我们怀揣热忱的灵魂天然被赋予对第一性的追求,不屑于单一坐标的约束,钟情于势能面彼端的芬芳。但

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-5-17 10:08:48 | 只看该作者 Only view this author
北大-陶豫 发表于 2025-5-16 18:01
可能是因为你初始结构就有 Cs 对称性(苯环为镜面),导致优化过程中这种对称性一直没法被破坏。

没有的,我在计算之前降低了对称性的
化学是混沌中的对称美学

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-5-17 10:14:43 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-5-16 06:35
优化之前要把NH2转成接近和苯环平行的结构。把初始结构摆得尽可能符合常识

好的,感谢!
我还想请问一下如何用量化计算说明苯胺,苯酚等分子上上羟基、氨基的邻对位定位效应?
我尝试从原子电荷和电子密度的角度理解了,但是还是没有想明白
化学是混沌中的对称美学

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发表于 Post on 2025-5-17 10:32:45 | 只看该作者 Only view this author
Piggy2907 发表于 2025-5-17 10:14
好的,感谢!
我还想请问一下如何用量化计算说明苯胺,苯酚等分子上上羟基、氨基的邻对位定位效应?
我 ...

通过轨道权重福井函数和轨道权重双描述符预测亲核和亲电反应位点 http://sobereva.com/533
现代化学以狄拉克的一句“一切化学问题业已解决”为嚆矢。滥觞于经验主义传统的期望正失去它们的借鉴意义。但面对看似不可达的通往天堂之阶梯,我想循伍德沃德“最好的模型是你底物的对映异构体”的信仰好过过早地振翮。
我们怀揣热忱的灵魂天然被赋予对第一性的追求,不屑于单一坐标的约束,钟情于势能面彼端的芬芳。但

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-5-17 10:48:46 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-5-16 06:35
优化之前要把NH2转成接近和苯环平行的结构。把初始结构摆得尽可能符合常识

不用了,我找到http://sobereva.com/159了,谢谢!
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