计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 336|回复 Reply: 7
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[GROMACS] 关于限制性MD的一些小问题

[复制链接 Copy URL]

25

帖子

0

威望

125

eV
积分
150

Level 3 能力者

跳转到指定楼层 Go to specific reply
楼主
本帖最后由 wang011127 于 2025-5-17 02:04 编辑

最近尝试用GMX做一些蛋白体系的模拟,个人做的是酶催化相关体系,体系中有一个蛋白和两个配体,其中一个是我的底物,另外一个是辅因子,我希望设置两个限制性条件,其一为底物和辅因子之间两个会发生反应的原子的距离,其二为底物和蛋白残基形成的一个关键性氢键,请问如何进行设置以限制这两个距离呢?我在论坛内查询看到有朋友使用[bond] 或者 [distance_restraints]进行设置,但还是不大清楚怎么操作,不知道在top文件和mdp文件中加入什么信息,第一次尝试,还烦请大家不吝赐教,感谢!下面是我在做EM前的top和mdp文件


topol.top
; Include forcefield parameters
#include "amber14sb_parmbsc1.ff/forcefield.itp"

[ atomtypes ]

; Include SUB topology
#include "SUB.itp"

; Include NDP topology
#include "NDP_2_AV.itp"

[ moleculetype ]
; Name            nrexcl
Protein_chain_X     3

[ atoms ]

[ bonds ]


[ pairs ]


[ angles ]


[ dihedrals ]


; Include Position restraint file
#ifdef POSRES
#include "posre.itp"
#endif

; Include water topology
#include "amber14sb_parmbsc1.ff/tip3p.itp"

#ifdef POSRES_WATER
; Position restraint for each water oxygen
[ position_restraints ]
;  i funct       fcx        fcy        fcz
   1    1       1000       1000       1000
#endif

; Include topology for ions
#include "amber14sb_parmbsc1.ff/ions.itp"

[ system ]
; Name
Protein in water

[ molecules ]
; Compound        #mols
Protein_chain_X     1
SUB                 1
NDP                 1
SOL       12122
NA               35
CL               26

EM.mdp (1.14 KB, 下载次数 Times of downloads: 1)




6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120109

管理员

公社社长

2#
发表于 Post on 2025-5-17 07:20:51 | 只看该作者 Only view this author
北京科音分子动力学与GROMACS培训班(http://www.keinsci.com/KGMX)这页幻灯片说得很清楚了
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

25

帖子

0

威望

125

eV
积分
150

Level 3 能力者

3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-5-30 17:16:49 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-5-17 07:20
北京科音分子动力学与GROMACS培训班(http://www.keinsci.com/KGMX)这页幻灯片说得很清楚了

感谢社长回复,我还有一个小问题,我在vmd中查看了我希望限制的两组原子的序号(在vmd图形界面摁“0”然后点击特定原子,在命令行中查看index),我希望把他们限制在2A内(在做EM前gro文件中两个距离分别为3.0A和3.1A),我在top文件后添加了以下语句:

[ intermolecular_interactions]
[ bonds ]
; ai     aj    type   bA      kA     bB      kB
2596  5497   6      2.0   1000.0
5496  5566   6      2.0   1000.0

过程很顺利没有报错,但是做完EM步骤后看gro发现并没有限制在我想要的距离,反而其中一个距离变大了(变到5.4A),不知道是哪里出了问题,请问需要在EM.mdp中做额外设置吗?还是说可以继续进行后续过程,还请社长不吝赐教

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120109

管理员

公社社长

4#
发表于 Post on 2025-5-30 20:16:30 | 只看该作者 Only view this author
wang011127 发表于 2025-5-30 17:16
感谢社长回复,我还有一个小问题,我在vmd中查看了我希望限制的两组原子的序号(在vmd图形界面摁“0”然 ...

gromacs里的序号从1开始计,VMD的index从0开始计
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

25

帖子

0

威望

125

eV
积分
150

Level 3 能力者

5#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-5-31 03:05:17 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-5-30 20:16
gromacs里的序号从1开始计,VMD的index从0开始计

按照您的要求修改了,发现serial就是index加1,把序号更改了,但是在后续跑了EM和NVT之后小分子直接跑出蛋白了,是因为我设置的有问题吗,似乎没有限制住诶
topol文件后面加入了下面的限制语句

[ intermolecular_interactions ]
[ bonds ]
; ai     aj    type   bA      kA     bB      kB
2597  5498   6      3   1000.0
5497  5567   6      3   1000.0


EM.mdp (1.14 KB, 下载次数 Times of downloads: 0) NVT.mdp (2.4 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)




6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120109

管理员

公社社长

6#
发表于 Post on 2025-5-31 07:54:21 | 只看该作者 Only view this author
wang011127 发表于 2025-5-31 03:05
按照您的要求修改了,发现serial就是index加1,把序号更改了,但是在后续跑了EM和NVT之后小分子直接跑出 ...

反复检查序号合理性,必须和结构文件一致
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

25

帖子

0

威望

125

eV
积分
150

Level 3 能力者

7#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-6-1 03:19:33 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 wang011127 于 2025-6-1 03:21 编辑
sobereva 发表于 2025-5-31 07:54
反复检查序号合理性,必须和结构文件一致

我的gro文件里的原子序号都是没问题的,不过我在topol.top文件中是依次引入了两个小分子的itp:

; Include SUB topology
#include "SUB.itp"

; Include NDP topology
#include "NDP_2_AV.itp"

这两个itp中的原子我没有排序,即序号还是从1开始,而不是从蛋白5476后的序号开始排序,不知道这个会不会有影响呢?
box.gro.zip (63.43 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

topol.top.zip (168.5 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

NDP_2_AV.itp.zip (8.71 KB, 下载次数 Times of downloads: 0) SUB.itp.zip (3.01 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)


6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120109

管理员

公社社长

8#
发表于 Post on 2025-6-1 09:03:18 | 只看该作者 Only view this author
wang011127 发表于 2025-6-1 03:19
我的gro文件里的原子序号都是没问题的,不过我在topol.top文件中是依次引入了两个小分子的itp:

; Inc ...

要写的序号是全局序号,和gro文件一致
每个[moleculetype]里的[atoms]本来就都是从1开始
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2025-8-14 04:01 , Processed in 0.151060 second(s), 23 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list